ระบบนิเวศของ Florida Keys ประกอบด้วยแหล่งที่อยู่อาศัยที่หลากหลาย รวมทั้งป่าชายเลน แนวปะการัง และป่าสน ซึ่งอุดมไปด้วยสายพันธุ์ที่มีเอกลักษณ์เฉพาะ มนุษย์ก็เป็นส่วนหนึ่งของระบบนิเวศเช่นกัน และกิจกรรมของพวกมันส่งผลกระทบต่อแหล่งที่อยู่อาศัยทั้งหมด รวมถึงสัตว์และพืชที่อาศัยอยู่ ระบบนิเวศของ Keys ประกอบด้วยพื้นที่ขนาดเล็ก ดังนั้น ผลกระทบของกิจกรรมของมนุษย์จึงขยายใหญ่ขึ้น ผลกระทบต่างๆ ได้แก่ มลพิษทางน้ำ ชนิดพันธุ์ที่รุกรานเพิ่มขึ้น การจับปลามากเกินไป ผลกระทบด้านลบจากการพายเรือและการพัฒนาเมือง และการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศโลก
ประชากรมนุษย์ในพื้นที่ที่เรียกว่าเซาท์อีสต์ฟลอริดาหรือฟลอริดาคีย์สเพิ่มขึ้นกว่า 3.9 ล้านคนตั้งแต่ปี 2513 ถึง 2551 สวนส้มได้เปิดทางไปสู่การพัฒนาที่อยู่อาศัย ห้างสรรพสินค้า อุตสาหกรรม และทางหลวง การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ทำให้เกิดการทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติ นอกจากนี้ มลภาวะทางน้ำยังเพิ่มขึ้น อันเนื่องมาจากการบำบัดน้ำเสียและน้ำเสียและน้ำที่ไหลบ่าจากพายุที่ประกอบด้วยน้ำมัน ยาฆ่าแมลง และโลหะหนัก..
ในปี 2010 มีผู้เข้าชมคีย์ 3.8 ล้านคน ผู้เข้าชมเหล่านี้หลายคนมีส่วนร่วมในกิจกรรมต่างๆ เช่น การตกปลา นอกจากนักท่องเที่ยวและผู้อยู่อาศัยที่มีส่วนร่วมในกิจกรรมสันทนาการเหล่านี้แล้ว การประมงเชิงพาณิชย์ยังเป็นอุตสาหกรรมขนาดใหญ่ในพื้นที่ การจับปลามากเกินไปทำให้สายพันธุ์ในระบบนิเวศของ Keys หมดลง ทำให้ปลามีขนาดเล็กลงและเปลี่ยนปฏิสัมพันธ์ของใยอาหารที่ซับซ้อน
การล่องเรือในพื้นที่ไม่เพียงแต่ทำให้เกิดการบาดเจ็บโดยตรงต่อพะยูนที่เกิดจากใบพัดเท่านั้น แต่ใบพัดยังทำให้เกิดแผลเป็นบริเวณหญ้าทะเลขนาดใหญ่อีกด้วย เรือแล่นเกยตื้นและสร้างความเสียหายให้กับแนวปะการังเมื่อทอดสมอไปตามแนวที่ละเอียดอ่อนเหล่านี้ มีการลงดินมากกว่า 500 ครั้งในแต่ละปีในคีย์ สิ่งนี้ทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยและส่งผลเสียต่อห่วงโซ่อาหารทั้งหมด นำไปสู่การสูญเสียสายพันธุ์ต่อไป
เมื่อมนุษย์เคลื่อนตัวไป พวกมันก็นำสปีชีส์จากพื้นที่อื่นที่สามารถปล่อยสู่ระบบนิเวศได้ สายพันธุ์เหล่านี้สามารถอาศัยอยู่ได้และเนื่องจากพวกมันไม่มีผู้ล่า ประสบความสำเร็จอย่างมาก สายพันธุ์พื้นเมืองที่แข่งขันได้ และเปลี่ยนแปลงพลวัตของระบบนิเวศทั้งหมด สัตว์และพืชที่รุกรานในฟลอริดาคีย์ ได้แก่ ปลาสิงโตและหญ้ากินี นอกจากผลกระทบทั้งทางตรงและทางอ้อมในท้องถิ่นแล้ว ผลกระทบของภาวะโลกร้อนยังคาดการณ์ว่าจะทำให้น้ำร้อนใน พื้นที่ 4 ถึง 10 องศาฟาเรนไฮต์ และทำให้ระดับน้ำทะเลสูงขึ้น ซึ่งอาจก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่เร็วเกินไปสำหรับระบบนิเวศ ซ่อมแซม.