ระหว่างการติดเชื้อ เซลล์ภูมิคุ้มกันต่างๆ จะต้องประสานการป้องกันจากผู้บุกรุกจากต่างประเทศ สิ่งนี้ต้องมีการสื่อสาร เซลล์ภูมิคุ้มกันพูดคุยและมีอิทธิพลต่อกันและกันโดยปฏิสัมพันธ์ระหว่างเซลล์กับเซลล์โดยตรง หรือโดยการหลั่งปัจจัยที่ผูกมัดและกระตุ้นซึ่งกันและกัน ปฏิสัมพันธ์ระหว่างเซลล์และเซลล์เกิดขึ้นผ่านตัวรับที่มีลักษณะเฉพาะกับเซลล์ภูมิคุ้มกันบางชนิด ปัจจัยลับที่กระตุ้นเซลล์ภูมิคุ้มกันอื่นๆ ได้แก่ โมเลกุลที่เรียกว่าไซโตไคน์และอินเตอร์เฟอรอน
ตัวรับทีเซลล์และตัวรับ MHC
ตัวรับทีเซลล์ (TCR) แสดงออกบนเซลล์ทีลิมโฟไซต์ (ทีเซลล์) ซึ่งมีความสำคัญต่อการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันของร่างกาย TCR คือสิ่งที่ทีเซลล์ใช้ในการสื่อสารโดยตรงกับเซลล์ที่ติดเชื้อจากผู้บุกรุกจากต่างประเทศ เซลล์ที่ติดเชื้อแสดงชิ้นส่วนของผู้บุกรุกที่ผิวของมัน นำเสนอผลงานชิ้นนี้ผ่านตัวรับที่เรียกว่า major histocompatibility complex I (MHCI) ทีเซลล์ชนิดพิเศษ - เรียกว่าเซลล์ตัวช่วย - และเซลล์ที่ติดเชื้อแล้ว "จับมือ" โดยเชื่อมต่อ TCR กับ MHCI โดยมีอนุภาคแปลกปลอมคั่นอยู่ระหว่าง
ตัวรับ CD4 และ CD8
ทีเซลล์มีหลายพันธุ์ วิธีหนึ่งในการจัดหมวดหมู่คือการปรากฏตัวของโปรตีนตัวรับที่เรียกว่า CD4 หรือ CD8 บนผิวของพวกมัน ทีเซลล์ที่มี CD4 เรียกว่า helper T cells ซึ่งกระตุ้นเซลล์ภูมิคุ้มกันอื่นๆ ทีเซลล์ที่มี CD8 เรียกว่า cytotoxic T cells ซึ่งฆ่าเซลล์ที่ติดเชื้อ ตัวรับ MHC สองประเภทคือ MHCI และ MHCII นำเสนออนุภาคแปลกปลอมเพื่อให้ทีเซลล์รับรู้ ทีเซลล์ที่มี CD4 จับกับเซลล์ที่มี MHCI ในขณะที่ทีเซลล์ที่มี CD8 จะจับกับเซลล์ที่มี MHCII
ไซโตไคน์และคีโมไคน์
เซลล์ภูมิคุ้มกันสามารถสื่อสารซึ่งกันและกันโดยจับกับตัวรับโดยตรงบนพื้นผิวของกันและกัน พวกมันสามารถปล่อยโปรตีนที่เรียกว่า cytokines และ chemokines ซึ่งไหลออกไปและจับกับพื้นผิวของเซลล์ที่อยู่ใกล้หรือไกลออกไป ไซโตไคน์เป็นโปรตีนขนาดเล็กที่ปล่อยออกมาจากเซลล์ภูมิคุ้มกันและสามารถกระตุ้นเซลล์ที่ปล่อยออกมา เซลล์ข้างเคียง หรือเซลล์ที่อยู่ห่างไกล คีโมไคน์เป็นโปรตีนขนาดเล็กที่ดึงดูดเซลล์ภูมิคุ้มกัน Chemokines ทำหน้าที่เป็นน้ำหอม "มาที่นี่" ที่เซลล์ภูมิคุ้มกันบางเซลล์ปล่อยออกมาเพื่อดึงดูดเซลล์ภูมิคุ้มกันให้มากขึ้นไปยังตำแหน่งที่แน่นอน
อินเตอร์เฟอรอน
อีกปัจจัยหนึ่งที่เซลล์ภูมิคุ้มกันหลั่งออกมาในรูปแบบของการสื่อสารประกอบด้วยโมเลกุลที่เรียกว่าอินเตอร์เฟอรอน (IFN) อินเตอร์เฟอรอนสามกลุ่มคืออัลฟ่าเบต้าและแกมมา IFN-alpha ถูกหลั่งโดยเซลล์ภูมิคุ้มกันที่ติดเชื้อไวรัส IFN-beta ถูกหลั่งโดยเซลล์ nonimmune ที่ติดเชื้อไวรัส IFN-gamma ถูกหลั่งโดยทีเซลล์ที่ถูกกระตุ้นเพื่อต่อสู้กับผู้บุกรุก จุดประสงค์ทั่วไปของ IFN ทั้งสามคือการเพิ่มปริมาณของตัวรับ MHCI ในเซลล์ เพื่อให้ทีเซลล์ซึ่งจับกับตัวรับ MHCI มีแนวโน้มที่จะพบเซลล์ที่ติดเชื้อมากกว่า