A vida floresceu nas florestas tropicais e ambientes marinhos da Costa Rica (uma em cada 20 espécies de plantas e animais pode ser encontrada na Costa Rica), mas também existem mais de 100 espécies ameaçadas de extinção na União Internacional para a Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais Lista. Desmatamento, conversão de habitat e poluição são os culpados por trás da atenuação de muitas espécies.
Mamíferos
A Costa Rica tem uma das populações de morcegos mais ricas do mundo, consistindo em metade da população de mamíferos. As espécies de morcegos na lista variam do grande morcego espectral predador ao morcego branco hondurenho, com apenas cerca de 37 a 47 mm de comprimento, embora ambos sejam de baixo risco. Felinos como o gatinho malhado, o puma da Costa Rica e a onça da América Central foram expulsos de seus os habitats e o mico-choco, o bugio-manto e os primatas macacos-aranha de Geoffroy diminuíram muito. Outros mamíferos ameaçados incluem o tamanduá-bandeira, o veado-sambar e a anta-de-Baird.
Pássaros
A Costa Rica abriga 894 espécies de pássaros, mais do que nos EUA e Canadá juntos. Destes, mais de 600 são residentes permanentes, incluindo o ameaçado guarda-chuva de pescoço nu, o guan preto e o tanager azul e dourado, mas pássaros como a toutinegra-do-céu e a elegante andorinha-do-mar são migratórios. O tentilhão Cocos Island reside na Ilha Cocos 360 milhas da costa da Costa Rica. É o único tentilhão de Darwin que não é totalmente endêmico das Galápagos. Outras aves ameaçadas incluem espécies familiares como a águia (águia solitária negra), arara (grande arara verde), beija-flor (colibri de mangue) e papagaio (papagaio-de-bico-vermelho).
Répteis e anfíbios
A iguana de cauda espinhosa de cinco quilhas e a tartaruga de lama de ponte estreita são alguns dos répteis ameaçados de extinção, mas existem muitos mais anfíbios ameaçados, a maioria dos quais sapos ou salamandras que são normalmente representados por grande diversidade na floresta tropical ambientes. A rã-folha do lêmure e a perereca-das-árvores de Starrett estão listadas como criticamente ameaçadas de extinção. O mesmo acontece com a salamandra-verme El Empalme e duas espécies de sapos: o sapo pico blanco e o sapo curto. O sapo dourado Monte Verde não é visto desde 1989 e é considerado extinto.
Peixe
A maioria dos peixes da Costa Rica na lista de espécies ameaçadas de extinção está quase ameaçada ou vulnerável. Isso inclui a garoupa de oliva, o cavalo-marinho do Pacífico e o tubarão coroa. Vários raios também estão na lista, como o raio elétrico bullseye no Pacífico e a raia cownose no Atlântico.
Invertebrados
Existem várias donzelas-sombra ameaçadas de extinção, insetos que se parecem com libélulas. Estes incluem espécies de dorso negro, alongado, chiriquita, cacau e reventazon. Muitos dos outros insetos ameaçados de extinção são libélulas nodosas, como limon, corcunda, catago, vulcão, alajuela e espécies com chifres. Duas espécies de caranguejos de água doce e vários corais marinhos também fizeram parte da lista da IUCN.
Plantas
Existem mais de 9.000 espécies de plantas conhecidas na Costa Rica. As plantas ameaçadas de extinção incluem membros da família das leguminosas, como abarema e o lancepod, o último dos quais deriva seu nome de seus frutos em forma de lança. Existem também 24 espécies da planta com flores eugenia, nove espécies da planta aromática quararibea e duas espécies do gênero virola, que está intimamente relacionado com a noz-moscada e tem flores amarelas com um pungente odor. Outros gêneros importantes ameaçados incluem a coralberry, a palmeira-leque cryosophila e a cedrela de árvore perene ou de estação seca. A jatropha costarriquenha, a árvore manilkara e a árvore gavilán blanco são espécies de plantas especificamente ameaçadas.