Kloning er et hett etisk problem i det vitenskapelige samfunnet, men bakterier kloner seg hele tiden. I en prosess som kalles binær fisjon, dobler en bakterie størrelsen og genetisk materiale, og deler seg for å produsere to identiske celler.
Sammenlignet med eukaryotisk celledeling, eller mitose, er binær fisjon en relativt enkel prosess. For det første kopierer bakterien sitt DNA - genetiske materiale som i bakterier er sirkulært. DNA gir all informasjon som er nødvendig for å opprette en identisk celle. DNA blir deretter adskilt i motsatte ender av cellen, og proteiner som er nødvendige for celledeling monteres i midten av cellen. Bakterien dobler vanligvis sin intracellulære væske, også kalt cytoplasma. Proteinene klyver cellen i to, og i de fleste bakterier er en ny cellevegg bygget for å fullføre delingen.
Fordelen med binær fisjon fra bakteriers perspektiv er at den er rask og enkel. Fra sykdomsbekjempelse og forebygging er binær fisjon fordelaktig fordi det forenkler produksjonen av medisin. Vanligvis trengs bare ett medikament for å behandle en bakteriell infeksjon fordi alle bakteriene er identiske og vil reagere på samme måte. Dessverre utvikler imidlertid noen bakterier medikamentresistens gjennom mutasjon som gjør infeksjoner mye vanskeligere å behandle.