Et fylogenetisk tre er en grafisk fremstilling av evolusjonære forhold som demonstrerer hvordan organismer muligens kunne ha avviket fra en felles forfader. Tidligere ble dette gjort ved sammenligning av anatomi og fysiologi til levende organismer og fossiler, men nå brukes ofte genetisk informasjon hentet fra DNA-nukleotidsekvenser. Organismer med få likheter kan bli funnet på de separate "grenene" til et fylogenetisk tre, og de med spesifikke fellestrekk ville være lokalisert på "kvister" i samme gren. Et fylogenetisk tre er en metode for å forstå arter og evolusjonære endringer i organismer.
Velg en modellorganisme for forholdssammenligning. Dette kan gjøres med en art, rase eller nukleotidsekvens som representerer en organisme. Et eksempel på en organisme kan være en ku. Resten av treet vil demonstrere hvor nært beslektet en ku er med andre organismer basert på genetiske egenskaper.
Velg en utgruppe. En utgruppe er en mindre nært beslektet organisme eller vidt forskjellig nukleotidsekvens. Hvis modellorganismen er en ku, vil en mulig utgruppe være en fisk. Jo mer forskjellige to organismer er, jo lenger ned på fylogenetetreet vil deres divergerende forgreningspunkt være. Tiden er representert med den eldste datoen nederst i diagrammet, og dagens er øverst i diagrammet. Plasseringen av grenene viser omtrent når en evolusjonær egenskap muligens endret en forfedre organisme til forskjellige arter.
Bestem et sett med egenskaper som skal brukes til sammenligning. Eksempler inkluderer "har fire ben", "tygger cud", "gir levende fødsel" eller "vokser hår." Nukleotidsekvenser er bare alfabetiske fremstillinger av DNA som bestemmer egenskaper, så et annet alternativ ville være: "inneholder sekvensen ATGGACACGGA. "
Del organismer basert på egenskapene. Når en organisme ikke inneholder ønsket trekk, blir det laget en gren i det fylogenetiske treet. For karakteristikken "har fire bein", ville kyr, sauer og hjort alle være på en gren, mens fisken ville være på en egen gren. Lim inn bildet eller sekvensen av en ku i det øvre hjørnet av plakatbrettet og fisken i det motsatte hjørnet, og trekk to linjer fra dem til bunnen av papiret i en kryssende V-form.
Fortsett å skille modellorganismer eller nukleotidsekvenser til hvert eksempel har en enkelt separasjon fra grenen til en kvist. Det karakteristiske “har ull” vil skille sauer fra hjort og kyr til en enestående gren. Plasser bildet av sauen i nærheten av bildet av fisken og tegn en linje som kobles i en V-form ned til grenen av kua. Å bruke karakteristikken “har luftig hale” vil avgrense ku fra hjort. Lim inn hjortebildet mellom kua og sauen og trekk en ny linje til en V-form som krysser over fisk- og sauelinjene. Når hver art har en enkelt gren, er det fylogenetiske treet ferdig.