Ionebytte brukes mye til vannbehandling i både industrielle og kommunale vannbehandlingssystemer. Prosessen gir mange fordeler fremfor andre behandlingsmetoder. Det er miljøvennlig, kan gi høy strømningshastighet av behandlet vann og har lave vedlikeholdskostnader. Sammen med disse fordelene er det visse ulemper forbundet med ionebytte, for eksempel kalsiumsulfatbegroing, jern tilsmussing, adsorpsjon av organisk materiale, organisk forurensning fra harpiksen, bakteriell forurensning og klor forurensning.
Den vanligste regeneranten (kjemikalie som brukes til å lade harpiksen) som brukes til kationharpiks, er svovelsyre. Noen ekstremt hardt vann inneholder store mengder kalsium, og når dette kalsiumet reagerer med den regenererende svovelsyren, danner det kalsiumsulfat som et bunnfall under regenereringsprosessen. Dette bunnfallet kan ødelegge harpiksperlene og kan blokkere rørene i karet.
Fôrvann fra de underjordiske vannboringene har løselig jern i form av jernholdige ioner. Små mengder av dette jernet blir fjernet av ionebytemyknerne, men hvis dette tilførselsvannet kommer i kontakt med luft før behandling, blir jernionene omdannet til jernioner. Disse jernionene utfelles som jernhydroksyd etter reaksjon med vann. Denne forbindelsen kan tette harpiksperlene og påvirke harpikseffektiviteten. Dette kan til og med føre til feil i mykneringssøylen.
Fôrvann fra innsjøer og elver inneholder vanligvis store mengder oppløst organisk materiale. Den gule eller brune fargen på dette fôrvannet skyldes forfallet vegetasjon og annet organisk materiale som er tilstede i det. Disse organiske stoffene kan adsorberes permanent i harpiksperlene, noe som resulterer i redusert harpikseffektivitet. Den behandlede vannkvaliteten forringes dermed. Disse organiske forurensningene kan fjernes før behandling med harpiks ved å behandle matevannet med alun for å utfelle det organiske materialet.
Selve ionebytterharpiksen kan noen ganger bli kilden til organisk forurensning. Den nye ionebytterharpiksen har ofte organiske elementer igjen i harpiksperlene etter produksjon. Slik forurensning av harpiksen kan behandles ved å føre det behandlede vannet gjennom et ultrafiltreringsbehandlingsanlegg.
Ionbytterharpikser fjerner ikke mikroorganismer som bakterier fra matevannet, men hjelper noen ganger til bakterieveksten. Harpiksbedene kan akkumulere organisk materiale som tjener som kilde til næringsstoffer for fortsatt vekst av bakterier. Når sterilt vann er nødvendig etter behandlingen, bør det demineraliserte vannet som produseres av ionebytteranlegget behandles med varme, ultrafiolett bestråling eller veldig fin filtrering. Ionbytterharpikssenger kan også behandles med desinfeksjonsmidler som formaldehyd, men ikke med varme eller klor, da de vil skade harpiksen.
