Et økosystem er et aggregat av alle de biologiske og kjemiske egenskapene som er karakteristiske for et bestemt økologisk samfunn. Et akvatisk økosystem henter sin identitet fra samspillet mellom dets vannrike miljø og de levende organismer som bor i det. De to typene akvatiske økosystemer er ferskvann og marine, og den største forskjellen er saltkonsentrasjonen. Imidlertid har disse økosystemene flere fellestrekk.
Vann
Den mest åpenbare koblingen mellom marine og ferskvannsøkosystemer er vann som dekker nesten 75 prosent av jordoverflaten. Flytende vann er den grunnleggende komponenten i både ferskvanns- og saltvannsmiljøer. Siden vann er gjennomsiktig, kan vannplanteplankton trives fordi sollyset kan trenge gjennom de øverste områdene. Også vann er et polært molekyl som egner seg til hydrogenbinding; i sin tur gjør dette vann til et kraftig løsemiddel for mineralene og næringsstoffene som kreves for livet.
Osmoregulering
Prosessen med å regulere det osmotiske trykket på væsker i en organisme er viktig for alle ferskvanns- og marine arter. Osmoregulering hjelper dem med å kontrollere konsentrasjonen av kroppsvæskene. Noen fisker, som laks, viser en bemerkelsesverdig variasjon i osmoregulering av deres homeostase. Dette innebærer å opprettholde riktig konsentrasjon av oppløste stoffer og vann i kroppen.
Planteplankton
Fytoplankton er alger som bor i de øvre lagene av havene og ferskvannskroppene der solen trenger inn. Fytoplankton er de viktigste produsentene av vannkjeden, som skaffer seg energi gjennom fotosyntese, og som et resultat produserer mye av oksygenet i jordens atmosfære. Som basen til det akvatiske matnettet gir de en viktig økologisk funksjon for alt marint og ferskvannslevende liv.
Miljø problemer
Det mest gjennomgripende problemet som påvirker både ferskvann og marine økosystemer er forurensning, som kommer i form av utslipp av biprodukter av menneskelig aktivitet som kloakk, gårdsavfall, gjødsel og giftige eller inerte kjemikalier som kan drepe vannlevende liv. Eutrofiering, eller plantevekst, skyldes utslipp av disse stoffene i vannet. Disse materialene har høyt innhold av nitrogen og fosfor som fremmer eksponensiell vekst av både mikroskopiske og makroskopiske planter i vannet. Til slutt dør plantene og stagnerer vannet. Nedbrytningsprosessen reduserer deretter oppløst oksygen i vannet, noe som gjør det umulig å støtte livet.