Livet har blomstret i Costa Ricas regnskog og marine miljøer (en av 20 av alle plante- og dyrearter finnes i Costa Rica), men det er også over 100 arter på International Union for the Conservation of Nature and Natural Resources truede arter liste. Avskoging, ombygging av habitat og forurensning er synderne bak mange arts dempning.
Pattedyr
Costa Rica har en av de rikeste populasjonene av flaggermus i verden, bestående av halvparten av pattedyrpopulasjonen. Flaggermusarter på listen spenner fra den store rovdyret til den hvite flaggermusen i Honduras, bare omtrent 37 til 47 mm lange, selv om begge har lav risiko. Felines som den lille flekkete katten, costaricansk puma og sentralamerikanske jaguar har blitt jaget fra sine habitater og tamarin på bomull, kappe og Geoffroys primater av edderkoppaper har blitt sterkt redusert. Andre truede pattedyr inkluderer den gigantiske anteateren, Sambar hjort og Bairds tapir.
Fugler
Costa Rica er hjemsted for 894 fuglearter, mer enn i USA og Canada til sammen. Av disse er over 600 fastboende, inkludert den truede barnehalsede paraplyfuglen, svart guan og blå-og-gull-tanager, men fugler som cerulean warbler og elegant tern er trekkende. Cocos Island finken ligger på Cocos Island 360 miles utenfor kysten av Costa Rica. Det er den eneste av Darwins finker som ikke er helt endemiske for Galápagos. Andre truede fugler inkluderer kjente arter som ørnen (svart ensom ørn), ara (stor grønn ara), kolibri (mangrove kolibri) og papegøye (papegøye med rød front).
Reptiler og amfibier
Den femkjølte pigg-tailed leguanen og den smalbryggede gjørmeskildpadden er noen av reptilene som er truet, men det er mange flere truede amfibier, hvorav de fleste er frosker eller salamandere som vanligvis er representert av stort mangfold i regnskogen miljøer. Lemurblad frosken og Starrett's treefrog er oppført som kritisk truet. Det samme er El Empalme-ormsalamander og to arter av padder: Pico blanco-padden og passere stubfoot-padden. Monte Verde gylden padde har ikke blitt sett siden 1989 og anses å være utdød.
Fisk
Det meste av Costa Ricas fisk på listen over truede arter er enten nær truet eller sårbar. Disse inkluderer oliventenneren, stillehavshesten og kronehaien. En rekke stråler er også på listen, som bullseye elektrisk stråle i Stillehavet og cownose-strålen i Atlanterhavet.
Hvirvelløse dyr
Det er en rekke truede skyggedamels, insekter som ligner øyenstikkere. Disse inkluderer svartrygg, langstrakt, chiriquita, kakao og reventazon. Mange av de andre truede insektene er øyenstikkere øyenstikkere som limon, humped, catago, vulkan, alajuela og hornede arter. To arter av ferskvannskrabber og flere marine koraller kom også på IUCN-listen.
Planter
Det er over 9000 kjente arter av planter i Costa Rica. Truede planter inkluderer medlemmer av belgfrukterfamilien som abarema og lancepoden, hvorav sistnevnte henter navnet fra sin lanselignende frukt. Det er også 24 arter av den blomstrende planten eugenia, ni arter av den aromatiske planten quararibea og to arter av slekten virola, som er nært beslektet med muskatnøtten og har gule blomster med en skarp lukt. Andre store truede slekter inkluderer coralberry, fan palm cryosophila og det eviggrønne eller tørre sesongen løvtre cedrela. Costa Ricas jatropha, manilkaratre og gavilán blanco-tre er spesielt truede plantearter.
