טקסונומים מסווגים את כל החיים על פני כדור הארץ באחת מחמש ממלכות. חברי ארבע הממלכות הראשונות, בעלי חיים, פלאנטה, פטריות ופרוטיסטה, הם כולם אורגניזמים אוקריוטים. משמעות הדבר היא שתאי האורגניזם, שיכולים להיות תאיים או רב-תאיים, כולם מכילים את החומר הגנטי שלהם בגרעין. הממלכה החמישית, מונרה, מכילה את כל האורגניזמים החד תאיים שאינם בעלי גרעין אמיתי. חברי הממלכה מונרה מכונים בדרך כלל חיידקים.
Eubacteriophyta
Eubacteriophyta הם החיידקים האמיתיים חיוביים לגרם. גרם חיובי פירושו שחיידקים אלה יתנו תוצאה חיובית בכתם של גרם. לחיידקים חיוביים גרם תכולת פפטידוגליקן גבוהה יותר מאשר חיידקים שליליים גרם, ואילו חיידקים שליליים הם בעלי ריכוז ליפידים גבוה יותר. בתוך פילום זה, חיידקים יכולים להיות כדוריים (קוקוס), בצורת מוט (בזילוס) או בצורת חולץ פקקים (ספירילום).
ציאנופיטה
תפילה זו של חיידקים מכילה אורגניזמים שכונו בעבר "אצות כחולות-ירוקות". כיום הם בדרך כלל מסווגים כ ציאנובקטריה, שכן היעדר גרעין מציין בבירור שהם קשורים יותר לחיידקים האחרים ממה שהם לאצות. אך בדומה לאצות, ציאנובקטריה מכילה כלורופיל ומסוגלות לפוטוסינתזה. יש מדענים המשערים שהציאנובקטריה היא קודמות לכלורופלסטים באורגניזמים פוטוסינתטיים גבוהים יותר, כמו אצות וצמחים.
פרוטאובקטריה
הפילום המגוון ביותר בממלכת מונרה, פרוטאובקטריה כולל חיידקים מקבעים חנקן, אשר הופכים חנקן מהאוויר לרשות צמחים ובעלי חיים. בלעדיהם החיים כידוע הם לא היו יכולים להתקיים. פרוטאובקטריה כוללת גם את ה- E. המוכר. מינים של חיידקי קולי וסלמונלה, הידועים כגורמים פוטנציאליים להרעלת מזון.
ספירוכטים
לחיידקים אלה צורה מפותלת, כפי שמרמז שמם. טרפונמה פלידום (Treponema pallidum), חיידק בתוך פילום זה, גורם לעגבת בבני אדם. בוריליה בורגדורפרי, חברה נוספת בקבוצה זו, גורמת למחלת ליים. לא כל הספירוכטים מזיקים למארחיהם. חלקם חיים במסלולי העיכול של הטרמיטים שם הם תורמים, יחד עם מיקרואורגניזמים אחרים, ליכולתו של הטרמיט לעכל תאית. זה מועיל, לפחות לטרמיט.
מִיוּן
ראוי לציין שקיימות אסכולות שונות לגבי סיווג אורגניזמים. אין טקסונומיה "רשמית" של מונרה לפילה ספציפית. ואכן, מדענים רבים מנויים על מערכת המפליגה לחלוטין את הממלכה מונרה, ואת ארבע ממלכות אחרות גם כן, ומחליפות זאת במערכת בה כל החיים מחולקים לשלוש תחומים. שניים מהם יכילו אורגניזמים שהיו בעבר חברים במונרה, בעוד שכל החיים האחרים יהיו חלק מהתחום השלישי.