סביבות מים מתוקים וימיים מהוות פריצה ראשונית במערכות אקולוגיות במים; סביבות ימיות מכילות מליחות גבוהה (ריכוז מלח), ואילו אזורי מים מתוקים מכילים בדרך כלל פחות מאחוז אחד. מערכות אקולוגיות של מים מתוקים כוללות בריכות ואגמים וכן נהרות ונחלים. מערכות אקולוגיות ימיות כוללות אוקיאנוסים ושוניות אלמוגים.
בריכות ואגמים
בריכות ואגמים הם גופות מים דוממות יחסית עם מעט זרם או ללא זרם, בדרך כלל מבודדים מגופי מים אחרים כמו נהרות ואוקיאנוסים. הם מחולקים לשלושה אזורים נפרדים: ליטורליים, לימנטיים ועמוקים. אזור החוף מהווה את הקרוב ביותר לחוף. עם חשיפה גבוהה לאור השמש ולמים הרדודים, זהו בדרך כלל האזור המגוון ביותר מבחינה אגם או בריכה, מאכלס כמה מינים של דו-חיים, עופות ימיים, סרטנים, חרקים, דגים ואצות, כמו גם צפים ושורשים. צמחים. האזור הלימנטי כולל שטח של אגם / בריכה שנמצא רחוק יותר מהחוף אך הקרוב ביותר לפני המים. אזור זה פחות מגוון מאזור החוף, אך יותר מאזור העמוק בשל רמת החשיפה הגבוהה שלו לשמש. האזור העמוק כולל את האזור העמוק ביותר של בריכה או אגם. החיים העמוקים נשלטים כמעט אך ורק על ידי חיידקים מתפרקים ופלנקטון.
נהרות ונחלים
נהרות ונחלים הם גופי מים נעים שזורמים ממקור, כמו מעיין או נמס קרחון, לפה, שיכול להיות ליד אוקיינוס, נחל גדול יותר או נהר או סוג אחר של מאגר. ככל שהמים עוברים ממקור לפה, הסביבה של המערכת האקולוגית משתנה באופן דרסטי. מקור הנחל או הנהר הוא בעל רמת הטוהר ותכולת החמצן הגבוהה ביותר. לאורך כל דרכו, המים הגועשים אוספים פסולת בזרם; עד שהמים מגיעים לפה, המים נעשים עכורים. כתוצאה, מעט אור שמש חודר לפני השטח וחיי הצומח דלים. מיני דגים כמו שפמנון משגשגים באזורים אלה, מסוגלים לשרוד בתנאים של חמצן דל.
אוקיינוסים
האוקיאנוסים הם מהמערכות האקולוגיות המגוונות והמרחיבות ביותר על פני כדור הארץ. מערכות אקולוגיות באוקיאנוס מחולקות לארבעה אזורים: בין גאות, פלגיים, בנטיים ותהום. אזור הגאות והשפל כולל את האזורים שבהם מי האוקיאנוס פוגשים יבשה. אזור זה דינמי מאוד עקב פעולה מתמדת של גאות ושפל. ככלל, מגוון המינים גבוה יותר באזורי בין-גיאות אשר לרוב שקועים במים. בדומה לאזור הלימנטי באגמים, אזור הפלאגיה כולל את האוקיאנוס הפתוח הרחק מהחוף וקרוב יותר לפני המים. באזור זה חיים מגוון של דגים, צמחי מים ויונקים גדולים יותר. אזורי בנטיקה ותהום מהווים את האזורים השני העמוק ביותר והעמוק ביותר של האוקיינוס, בהתאמה. בגלל לחץ קיצוני, חושך וטמפרטורות קרות, אזורים אלה טמונים בצורות חיים שונות מאוד. כדי לשרוד מחסור מוחלט באור שמש, צמחים וחיידקים באזור התהום קוצרים אנרגיה כימית מפתחי אוורור תרמיים מתחת לפני קרקעית האוקיאנוס.
שוניות אלמוגים
מערכות אקולוגיות של שונית אלמוגים ממוקמות באוקיינוס; אך בשל ההרכב הפיזי והביולוגי שלהם, הם נבדלים מאוד ממערכות אקולוגיות ימיות אחרות. שוניות אלמוגים נוצרות במים רדודים עם טמפרטורות חמות. רבות מהמערכות האקולוגיות הללו נוצרו לאורך חופי יבשות. למרות שזה אולי נראה כמו סלע ענק, שונית אלמוגים מורכבת למעשה ממושבות חיות חיות שמתקנות את עצמן במעטפת קשה של סידן פחמתי. למושבות אלו יש קשר סימביוטי עם זואוקסנטלות, סוג של אצות שחיים בפנים ומספקים מזון לאלמוגים. למרות שהם מקיפים שטח מועט יחסית, שוניות האלמוגים הן מהמערכות האקולוגיות המגוונות ביותר מבחינה ביולוגית על פני כדור הארץ. מגוון עצום של ספוגים, סרטנים, כלניות ים, דגים, אצות, צמחי מים וחרקים חיים אך ורק במערכות אקולוגיות של שונית האלמוגים.