סימביוזה היא כאשר שני אורגניזמים חיים יחד במערכת יחסים בה לפחות אחד מהם מרוויח. לפעמים, כמו במקרה של הדדיות, שניהם ירוויחו מהקשר. במקרים של טפיליות, אורגניזם אחד ירוויח לחלוטין בעוד השני נפגע או עלול אפילו למות. קומנסליזם הוא צורה של סימביוזה שבה משתתף אחד מרוויח והשני לא מרגיש בכלל השפעות. מערכות אקולוגיות של שונית האלמוגים שופעות יחסים סימביוטיים.
פוליפים אלמוגים ו Zooxanthellae
•••Jupiterimages / Photos.com / Getty Images
אלמוגים הם אורגניזמים קולוניאליים - אורגניזמים זעירים הגדלים בקבוצות גדולות, או מושבות, ליצירת המבנים הגדולים והצבעוניים המרכיבים שוניות אלמוגים. בתוך כל פוליפ אלמוגים חיים אצות חד תאיות הנקראות zooxanthellae. הזואקסנטליות לוכדות את אור השמש ומבצעות פוטוסינתזה, ומספקות חמצן וחומרים מזינים אחרים לפוליפ האלמוגים המסייעים בהישרדותו. בתורו, הזואוקסנטלות מסופקות עם הפחמן הדו-חמצני שמונע על ידי הפוליפ שהוא צריך לעבור פוטוסינתזה. נוכחותם של הזואקסנטלות מספקות גם פיגמנטים צבעוניים המסייעים בהגנה על השלד הלבן של האלמוג מפני אור השמש. זהו קשר סימביוטי הדדי המיטיב עם שני המשתתפים.
ספוגים וכלניות
•••Jupiterimages / Photos.com / Getty Images
ספוגים הם תושבים ותיקים בשוניות אלמוגים. באמצעות שלד האלמוגים כמקום לעגון, אורגניזמים שובבים או נייחים אלה מספקים מחסה לשרימפס דגים, סרטנים ובעלי חיים קטנים אחרים. בשני המקרים, הסימביוזה היא חלקית.
כלניות הים הן גם תושבות ישיבה שכיחות בשונית האלמוגים. כלניות הים ידועות בזוגיות הסימביוטית המועילה ביניהן עם דגי ליצן ודגי כלניות. זרועות הכלניות מספקות הגנה על הדגים וביציהם ואילו דג הכלניות מגן על הכלנית מפני טורפים כמו דג הפרפר. הם עשויים גם להסיר טפילים מהמחושים של הכלנית.
כוכבי ים ותולעים
•••Ablestock.com/AbleStock.com/Getty Images
כוכבי ים נמצאים לעיתים קרובות בשונית. כוכבי ים של כתר-קוצים הם טורפים ידועים של שוניות אלמוגים וידוע כי הם הורסים מושבות שלמות שוניות אלמוגים. זהו קשר טפילי בכך שכוכבי הים מוצאים אוכל בפוליפים של האלמוג ואילו האלמוג מוסלק עד לשלדו ונותר למות.
סוגים רבים של תולעים גם הופכים את בתיהם לסדקים ולסדקים של שונית האלמוגים, שם הם בטוחים מפני טורפים. עם זאת, מינים מסוימים, כמו תולעי עץ חג המולד, נשאו למעשה בשלד האלמוג ופגעו בו בחיפוש אחר מזון והגנה. זו דוגמה נוספת ליחס סימביוטי טפילי על שונית האלמוגים.