ממוקם בחלקו בצפון האנדים, עם קווי חוף הן באוקיאנוס השקט והן בים הקריבי, הגיאוגרפיה הייחודית של קולומביה מספקת חמש מערכות אקולוגיות ייחודיות מאוד בגבולותיה: טונדרה אלפינית, או פארמו; יערות גשם; יערות עננים בגובה רב; אזורי חוף; ומישורים - או לוס ללנוס. מכיוון שקולומביה כל כך קרובה לקו המשווה, היא לא עוברת שינויים עונתיים משמעותיים.
פרמוס
פרמוס הם מערכות אקולוגיות טרופיות בגובה רב שהרגע התחילו להיות מובנות על ידי הקהילה המדעית. מחקרים הראו כי מערכות אקולוגיות ייחודיות אלה מייצרות מינים חדשים מהר יותר מכל מערכת אקולוגית אחרת על כדור הארץ. בפרמוס הקולומביאני חיים 68 מינים של פריליג'ונים, צמחים פורחים הלוכדים מים מערפילים חולפים. לצד החזזיות והטחב של המערכת האקולוגית, השבריריות מסננות ומווסתות מים שעוברים בסופו של דבר לגבהים התחתונים של קולומביה. בפרמואים הקולומביאניים חיים גם כ -5,000 מיני צמחים ייחודיים אחרים.
יערות ענן
יערות הענן של קולומביה יושבים ממש מתחת לפרמואים בגובה. יערות אלה נכללים בפארק הלאומי לאס אורקידאס (Las Orquídeas) במדינה, על שם יותר מ -200 מיני הסחלבים שנמצאו שם. יערות הענן מכילים גם מינים רבים אחרים שמקורם בקולומביה, כולל מיני יגואר, פומה, קוף, צבי, ציפורים, עטלפים וחרקים. יערות העננים הם גם ביתם של הדוב המשקפיים הנמצא בסכנת הכחדה. מדענים מאמינים כי שינויי אקלים עשויים להשפיע על הצמחים האהובים על הדוב לאכול - מכריחים אותם לחפש יותר ויותר אחר מזון ואולי להכניס אותם לתחרות עם מינים אחרים.
יערות הגשם של אמזון
כשליש מקולומביה מכוסה על ידי האמזונס; כמו שאר יערות הגשם הגדולים בעולם, אזור זה הוא ביתם של מינים ייחודיים רבים. בשנת 2013 חשפו החוקרים את גילוים של שני מינים חדשים באמזונס הקולומביאני: Cercosaura hypnoides ו- Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides הוא לטאה שחורה קטנה הנחשבת בסכנת הכחדה ו- Callicebus caquetensis הוא אחד מכ -20 מינים של קוף טיטי החיים באמזונס. כשקופים אלה הם תינוקות, הם מגלים את שביעות רצונם וחיבתם על ידי טפטוף, כמו חתלתולים.
אזורי חוף
אזורי החוף של קולומביה שוכנים בגבולות מערכות אקולוגיות מימיות ויבשתיות, ובו בעיקר יערות מנגרובים. בשל הנפח הרב של החומרים האורגניים המתפרקים, מערכות אקולוגיות בחוף אלה מהוות בית רב לדגים. יערות המנגרובים מכילים מינים רבים של מנגרובים וכן אוכלוסייה מתפתחת של ביווים ימיים ורכיכות; קהילות מקומיות קוטפות לעיתים קרובות את הביווה המכונה פיאנגואה המברה. מספר יונקים מאכלסים את יערות המנגרובים הללו, כולל חתולי נמר, נוטריה וחזירי בר המכונים "טטברו".
לוס ללנוס (מישורים)
שטחי העשב, או לוס לאלאנוס, יושבים בעיקר סביב אגן נהר אורינוקו, השוכן בין קולומביה לוונצואלה. בנהר עצמו מתגורר תנין אורינוקו יליד ונמצא בסכנת הכחדה, שנודע שאורכו 23 מטר. צב האורינוקו, לוטרה ענקית, ארמדיל ענק ונשר שחור ערמונים הם מינים אחרים בסכנת הכחדה של לוס ללנוס. המישורים מארחים גם ציפורים נודדות רבות, כגון צהבהב וכמה מינים של צליפת חול.