נגר בנהר מתייחס לכל המים שמגיעים למערכת מי נהר ממקורות כמו גשמים, התכת שלג ומי תהום. נגר כולל מים הזורמים על פני האדמה למערכת המים, מים ששוקעים באדמה כדי להצטרף אליהם מערכת המים, כמו גם מים שזורמים מהנהר לגוף מים גדול יותר, כמו ים או אוקיינוס.
אזורים
נגר בנהרות מוזרם לנהרות, ואז ניזונים לים. ניתן לחשב נגר עבור יבשות שונות, כאשר אזורים טרופיים, כמו האמזונס ואגן קונגו-זאיר, מייצרים יותר נגר מאשר אזורים לא טרופיים. שלושה גורמים משפיעים על נפח נגר הנהר: מיקום, משקעים והתאדות.
נגר עירוני
כאשר גשם יורד על אדמה לא סלולה הוא נושר באדמה, וממלא את האקוויפר (מאגר מי תהום). באזורים עירוניים, כאשר גשם יורד על אדמה סלולה, הוא אינו נושר באדמה אלא ממהר על פני השטח הסלול אל נחל או נהר. תהליך זה נקרא "נגר עירוני".
שינוי תנאים
נגר עירוני מכיל לרוב יותר מזהמים מאשר נגר טבעי. הוא גם ניזון למערכת המים במהירות רבה יותר, ומביא מים מזוהמים תחילה לגופי מים קטנים יותר, כמו נהרות, ואז לאוקיאנוסים ולים. עלייה בנגר העירוני וירידה בנגר הנהר הטבעי משקפות את הגידול של המדינות המתפתחות בעולם ואת ההשפעה הגוברת של עיור המוני.