L'écosystème des Florida Keys se compose de divers habitats, notamment des mangroves, des récifs coralliens et des pinèdes, riches en espèces uniques. Les humains font également partie de l'écosystème et leurs activités affectent tous les habitats ainsi que les animaux et les plantes qui les habitent. L'écosystème des Keys est composé d'une petite superficie de terre, par conséquent, les impacts des activités humaines sont amplifiés. Les impacts comprennent la pollution de l'eau, l'augmentation des espèces envahissantes, la surpêche, les effets négatifs de la navigation de plaisance et du développement urbain, et le changement climatique mondial.
La population humaine de la région connue sous le nom de Floride du Sud-Est ou Florida Keys a augmenté de plus de 3,9 millions de 1970 à 2008. Les orangeraies ont cédé la place aux lotissements, aux centres commerciaux linéaires, à l'industrie et aux autoroutes. Ces changements ont entraîné la destruction d'habitats naturels. De plus, la pollution de l'eau a augmenté, causée par le traitement des eaux usées et les débordements de fosses septiques et le ruissellement des eaux pluviales qui contiennent du pétrole, des pesticides et des métaux lourds.
En 2010, il y avait 3,8 millions de visiteurs aux Keys. Beaucoup de ces visiteurs se livraient à des activités telles que la pêche. En plus des touristes et des résidents qui s'adonnent à ces activités récréatives, la pêche commerciale est une industrie importante dans la région. La surpêche a épuisé les espèces de l'écosystème des Keys, laissant des poissons plus petits et modifiant les interactions du réseau trophique complexe.
La navigation de plaisance dans la région a non seulement causé des blessures directes aux lamantins causées par les hélices, mais les hélices ont également marqué de vastes zones d'herbes marines. Les bateaux s'échouent et endommagent les récifs coralliens alors que les ancres raclent ces formations délicates. Plus de 500 échouements se produisent chaque année dans les Keys. Cela détruit l'habitat et affecte négativement l'ensemble de la chaîne alimentaire, entraînant une nouvelle perte d'espèces.
Au fur et à mesure que les humains se déplacent, ils amènent avec eux des espèces d'autres régions qui peuvent être relâchées dans l'écosystème. Ces espèces peuvent s'installer et, parce qu'elles n'ont pas de prédateurs, devenir très prospères, surpassant les espèces indigènes et modifiant la dynamique de l'ensemble de l'écosystème. Les animaux et les plantes envahissants dans les Florida Keys comprennent le poisson-lion et l'herbe de Guinée. En plus de tous ces impacts locaux directs et indirects, les effets du réchauffement climatique devraient chauffer les eaux dans la zone de 4 à 10 degrés Fahrenheit et élever le niveau de la mer, provoquant peut-être des changements trop rapides pour que l'écosystème réparation.