Ni siquiera los científicos están 100 por ciento seguros de cómo se forman las geodas de amatista, o cómo se forman las geodas. No ha habido mucha investigación, porque las geodas son simplemente anomalías científicas divertidas con pocos beneficios científicos, si es que tienen alguno. Son rocas que parecen lisas por fuera pero que al abrirlas revelan una cavidad en el medio llena de hermosos cristales. El consenso científico general es que las geodas de amatista se crean en un proceso de dos pasos. Primero, está la formación de la cavidad y luego la formación de los cristales.
Una geoda de amatista es una roca hueca con cristales de amatista que recubren las paredes internas, por lo que primero se debe formar la cavidad. Esto puede suceder en cualquier lugar donde haya o haya lava cerca de la superficie de la tierra. Como resultado, se pueden encontrar geodas de amatista en miles de lugares alrededor del mundo. El primer paso en el proceso natural que crea las geodas de amatista es la formación de cavidades de gas en la lava. Las cavidades de gas pueden formarse a partir de burbujas (al igual que la carbonatación provoca burbujas en su refresco). Algunos científicos teorizan que las cavidades también se pueden formar al enfriar los flujos de lava cerca de las raíces de los árboles u otras cosas que sobresalen del suelo. La lava que se enfría se endurece por completo antes de rellenar alrededor del afloramiento, creando una cavidad.
Luego, las cavidades se llenan con un líquido rico en sílice que contiene trazas de hierro. Con el tiempo, este líquido forma cristales: pirámides de seis lados (romboedros) de amatista. Los cristales con un color que va del lila claro al morado oscuro se forman cuando hay un rastro de hierro en el líquido, lo que da como resultado geodas de amatista.