Camboya tiene la tercera tasa más alta de deforestación del mundo, motivada por la extracción de madera y la tala para la agricultura. La deforestación destruye los hábitats y altera el equilibrio de los delicados suelos tropicales. Sin árboles que mantengan el suelo en su lugar y repongan la materia orgánica con hojarasca, el suelo se erosiona rápidamente y pierde gran parte de su fertilidad en los primeros años de cultivo.
Los ecosistemas costeros de Camboya, muchos de los cuales son bosques de manglares que proporcionan importantes áreas de desove para los peces y protección contra las inundaciones, están amenazados por varios factores. Los ecosistemas costeros están siendo asfixiados por los sedimentos que se desprenden de las áreas tierra adentro recientemente deforestadas. Estas aguas también transportan pesticidas y fertilizantes peligrosos. Las granjas camaroneras mal reguladas hacen que los manglares se limpien y liberen un exceso de nutrientes en el agua, lo que resulta en el crecimiento excesivo de algas y la alteración del ecosistema.
A medida que Camboya se industrializa, la gente acude en masa a las zonas urbanas, que están creciendo demasiado rápido para que la infraestructura de saneamiento se mantenga al día. Muchas áreas no tienen sistemas de alcantarillado o, en el mejor de los casos, son disfuncionales. Las aguas residuales y los efluentes industriales están contaminando las aguas subterráneas y superficiales en muchas áreas urbanas. Los desechos sólidos peligrosos a menudo llegan a vertederos abiertos donde pueden filtrarse al agua subterránea o ser arrastrados por el viento.