Οι κόκκινες σακούλες βιολογικού κινδύνου προορίζονται γενικά για ιατρικά απόβλητα, αλλά μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για επεξεργασία τροφίμων ή απόβλητα βιοτεχνολογίας που περιέχουν δυνητικά μολυσματικό παράγοντα. Αυτά τα υλικά περιλαμβάνουν γάντια ή οποιοδήποτε άλλο προσωπικό προστατευτικό εξοπλισμό με αίμα ή άλλα σωματικά υγρά πάνω του - καθώς και καλλιέργειες δειγμάτων ανθρώπων ή ζώων. Τυχόν απόβλητα από άλλες καλλιέργειες ή μολυσματικούς παράγοντες μπορούν επίσης να τοποθετηθούν σε κόκκινους σάκους βιολογικού κινδύνου.
Αρκετά αντικείμενα σίγουρα δεν πρέπει να μπαίνουν στις κόκκινες σακούλες βιολογικού κινδύνου, σύμφωνα με τη Stericycle, κατασκευαστής σακουλών βιολογικού κινδύνου, στη δημοσίευσή της «Συχνές ερωτήσεις για την απόρριψη ιατρικών αποβλήτων και καρφιών». Αυτά τα αντικείμενα περιλαμβάνουν: κύλινδροι πεπιεσμένου αερίου, αιχμηρά αντικείμενα, χημικά απόβλητα, ραδιενεργά απόβλητα, στερεωτικά, συντηρητικά, οικιακά ή απορρίμματα τροφίμων και βιοτεχνολογικά ή απορρίμματα τροφίμων που δεν περιέχουν μολυσματικά πράκτορες. Σε ορισμένες δικαιοδοσίες, τα υγρά απόβλητα βιολογικού κινδύνου μπορούν να απολυμανθούν και στη συνέχεια να απορριφθούν στο σύστημα αποχέτευσης. Ορισμένες δικαιοδοσίες χρησιμοποιούν σαφείς σακούλες βιολογικού κινδύνου για απόρριψη φαρμακευτικών προϊόντων ή άλλων ελεγχόμενων ουσιών.
Οι κόκκινες σακούλες βιολογικού κινδύνου πρέπει πάντα να αντιμετωπίζονται με προσοχή. Οι έτοιμοι ή εν χρήσιμοι σάκοι πρέπει να χρησιμοποιούνται ως επένδυση μέσα σε ένα δευτερεύον δοχείο, κατά προτίμηση ένα σκληρό δοχείο με σφιχτό καπάκι. Το δοχείο δεν πρέπει να είναι κατασκευασμένο από χαρτόνι ή να φέρει ταλαντευόμενο καπάκι, σύμφωνα με το Stanford School of Medicine στο άρθρο του στην ιστοσελίδα "Επιθεώρηση ιατρικών αποβλήτων Λίστα ελέγχου. "Όλες οι πλευρές και το καπάκι ενός δευτερεύοντος δοχείου πρέπει να φέρουν την ένδειξη" βιολογικά επικίνδυνα απόβλητα. "Τα δευτερεύοντα δοχεία πρέπει να επισημαίνονται σύμφωνα με την πολιτεία και την ομοσπονδιακή Κανονισμοί.
Όταν χειρίζεστε πλήρεις σακούλες βιολογικού κινδύνου για απόρριψη, πρέπει να φοράτε κατάλληλο σωστό προστατευτικό εξοπλισμό, συμπεριλαμβανομένου παλτού εργαστηρίου, γυαλιών ασφαλείας και λαστιχένιων γαντιών. Εάν είναι δυνατόν, μην αγγίζετε πόμολα και επιφάνειες. Οι σάκοι πρέπει να μετακινηθούν στο πλησιέστερο κατάλληλο δοχείο συλλογής απορριμμάτων. Εάν διαρρεύσει μια σακούλα, θα πρέπει να τοποθετηθεί αμέσως στο δευτερεύον δοχείο παραλαβής. Αφού χειριστείτε τις πλήρεις σακούλες για απόρριψη, τα γάντια πρέπει να αφαιρεθούν και τα χέρια να πλυθούν σωστά. Τα δευτερεύοντα δοχεία πρέπει να καθαρίζονται και να απολυμαίνονται τακτικά.