Често причинени от човешки дейности, изчерпването или деградацията на една екосистема има дългосрочни ефекти. Тези ефекти могат да повлияят както на организмите, живеещи в дадена екосистема, така и върху хората. Съществуват програми за възстановяване на деградиралите екосистеми, но тези програми се опитват просто да рехабилитират, а не да възпроизвеждат минали условия.
Причини
Изчерпването на екосистемите често се дължи на прекомерната експлоатация на техните ресурси. Въпреки че тези дейности могат да служат на краткосрочна икономическа цел, този вид експлоатация всъщност може да доведе до пряко неблагоприятно въздействие върху социалното благосъстояние в средносрочен и дългосрочен план. В случай на деградация на тропическите гори, растеж на населението, бедност, екологично увреждащи държавни субсидии, екологично неустойчиви политики за износ, неспособността да се оцени екологията на природните системи и, като следствие, неспособността да се оценят екологичните услуги, които екосистемата предоставя, може да доведе до деградация.
Примери
Проучване от 2012 г. на американски и бразилски изследователи, публикувано в списание "Conservation Letters" разкрива, че сладководните местообитания в Амазонка са силно податливи на екологична деградация. Речните, езерните и влажните екосистеми, обхващащи приблизително една пета от басейна на Амазонка, се прогресивно променят повредени от обезлесяване, замърсители, изграждане на язовири и водни пътища и прекомерно събиране на растения и животни видове. В района на залива Чесапийк екстензивното земеделие, урбанизацията и бързо нарастващото население значително влошиха качеството на водата на реките, притоците и самия залив.
Пряко въздействие върху човешкото здраве
Натискът върху екосистемите може да има непредсказуеми и вероятно значителни бъдещи ефекти върху здравето, според доклад на Световната здравна организация от 2005 г. В доклада се споменава, че много човешки заболявания произхождат от животни и че промените в местообитанията на животинските популации, които са преносители на болести или резервоари, могат да повлияят положително на човешкото здраве отрицателно. Например, смята се, че вирусът Nipah се е появил след пожари за почистване на горите през Индонезия принуди носачите на прилепи към съседна Малайзия, където вирусът атакува отглеждани свине и след това хората. Изглежда, че прочистването на горите и климатичните промени в местообитанията са засегнали някои популации от комари, преносители на болести и мошки.
Влошено възстановяване на екосистемата
Типично усилие за възстановяване, Програмата за възстановяване на екосистемите в Калифорния, се ръководи от шест основни принципа: възстановяване на застрашени, изложени на риск и местни биотични популации; възстановяване на екологичните цикли; запазване или увеличаване на събраните популации; възстановяване и защита на местообитанията; предотвратяване на установяването и смекчаване на ефектите от неместни инвазивни видове; и подобряване или поддържане на качеството на утайките и водата. Според Дружеството за екологична реставрация типично погрешно схващане за екологичното възстановяване е, че то има за цел да съживи минали условия. Вместо това, целта на възстановяването трябва да бъде възстановяване на еволюционните траектории на нарушените екосистеми.