Трансмісійний електронний мікроскоп (ТЕМ) та скануючий електронний мікроскоп (СЕМ) є мікроскопічними методами для перегляду надзвичайно дрібних зразків. TEM і SEM можна порівняти в методах підготовки зразків та застосуваннях кожної технології.
Обидва типи електронних мікроскопів бомбардують зразок електронами. ТЕМ підходить для вивчення внутрішньої сторони предметів. Фарбування забезпечує контраст, а нарізка - надтонкі зразки для дослідження. ТЕМ добре підходить для дослідження вірусів, клітин і тканин.
Зразки, що досліджуються за допомогою СЕМ, потребують електропровідного покриття, такого як золото-паладій, вуглець або платина, щоб зібрати надлишок електронів, які затуляють зображення. SEM добре підходить для огляду поверхні таких об’єктів, як високомолекулярні агрегати та тканини.
Електронна гармата виробляє потік електронів, які фокусуються лінзою конденсатора. Конденсований промінь і електрони, що передаються, фокусуються об'єктивом у зображення на екрані фосфорного зображення. Темніші ділянки зображення вказують на те, що передавалося менше електронів і що ці ділянки товщі.
Як і у випадку з ТЕМ, електронний промінь створюється і конденсується лінзою. Це об'єктив курсу для SEM. Друга лінза формує електрони в щільний, тонкий промінь. Набір котушок сканує промінь подібно до телевізора. Третя лінза спрямовує промінь у потрібну ділянку зразка. Промінь може зупинятися на певній точці. Промінь може сканувати весь зразок 30 разів на секунду.