การแลกเปลี่ยนไอออนใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการบำบัดน้ำทั้งในระบบบำบัดน้ำอุตสาหกรรมและเทศบาล กระบวนการนี้มีข้อดีมากกว่าวิธีการรักษาอื่นๆ เป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อมสามารถให้อัตราการไหลของน้ำที่ผ่านการบำบัดสูงและมีค่าบำรุงรักษาต่ำ นอกจากประโยชน์เหล่านี้แล้ว ยังมีข้อเสียบางประการที่เกี่ยวข้องกับการแลกเปลี่ยนไอออน เช่น การเปรอะเปื้อนของแคลเซียมซัลเฟต ธาตุเหล็ก ความเปรอะเปื้อน การดูดซับอินทรียวัตถุ การปนเปื้อนสารอินทรีย์จากเรซิน การปนเปื้อนของแบคทีเรีย และคลอรีน การปนเปื้อน.
สารก่อกำเนิดใหม่ที่พบบ่อยที่สุด (สารเคมีที่ใช้ในการเติมเรซิน) ที่ใช้สำหรับเรซินไอออนบวกคือกรดซัลฟิวริก น้ำกระด้างมากบางชนิดมีแคลเซียมในปริมาณสูงและเมื่อแคลเซียมนี้ทำปฏิกิริยากับกรดซัลฟิวริกที่สร้างใหม่ จะเกิดแคลเซียมซัลเฟตเป็นตะกอนระหว่างกระบวนการสร้างใหม่ ตะกอนนี้อาจทำให้เม็ดเรซินเปรอะเปื้อนและสามารถปิดกั้นท่อในภาชนะได้
น้ำป้อนจากบ่อบาดาลมีธาตุเหล็กที่ละลายน้ำได้ในรูปของไอออนเหล็ก ธาตุเหล็กนี้จำนวนเล็กน้อยจะถูกลบออกโดยน้ำยาปรับผ้านุ่มแลกเปลี่ยนไอออน แต่ถ้าน้ำป้อนนี้สัมผัสกับอากาศก่อนการบำบัด ไอออนของเหล็กจะถูกแปลงเป็นไอออนของเฟอร์ริก ไอออนของเฟอร์ริกเหล่านี้จะตกตะกอนเป็นเฟอร์ริกไฮดรอกไซด์หลังจากทำปฏิกิริยากับน้ำ สารประกอบนี้สามารถอุดตันเม็ดบีดเรซินและส่งผลต่อประสิทธิภาพของเรซิน ซึ่งอาจส่งผลให้เกิดความล้มเหลวของคอลัมน์น้ำยาปรับผ้านุ่ม
น้ำที่ป้อนจากทะเลสาบและแม่น้ำมักจะมีอินทรียวัตถุที่ละลายน้ำในปริมาณสูง สีเหลืองหรือสีน้ำตาลของน้ำป้อนนี้เกิดจากพืชที่เน่าเปื่อยและอินทรียวัตถุอื่น ๆ ที่มีอยู่ในนั้น สารอินทรีย์เหล่านี้อาจถูกดูดซับอย่างถาวรภายในเม็ดบีดเรซิน ส่งผลให้ประสิทธิภาพของเรซินลดลง คุณภาพน้ำที่ผ่านการบำบัดจึงลดลง สารปนเปื้อนอินทรีย์เหล่านี้สามารถกำจัดออกก่อนการบำบัดด้วยเรซินโดยการบำบัดน้ำป้อนด้วยสารส้มเพื่อตกตะกอนสารอินทรีย์
เรซินแลกเปลี่ยนไอออนเองในบางครั้งอาจกลายเป็นแหล่งที่มาของการปนเปื้อนสารอินทรีย์ เรซินแลกเปลี่ยนไอออนชนิดใหม่มักมีองค์ประกอบอินทรีย์ที่เหลืออยู่ในเม็ดบีดเรซินหลังการผลิต การปนเปื้อนของเรซินดังกล่าวอาจได้รับการบำบัดโดยการส่งผ่านน้ำที่ผ่านการบำบัดแล้วผ่านโรงบำบัดการกรองแบบพิเศษ
เรซินแลกเปลี่ยนไอออนไม่ได้กำจัดจุลินทรีย์เช่นแบคทีเรียออกจากน้ำป้อน แต่บางครั้งช่วยในการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย เตียงเรซินอาจสะสมอินทรียวัตถุซึ่งทำหน้าที่เป็นแหล่งอาหารสำหรับการเจริญเติบโตของแบคทีเรียอย่างต่อเนื่อง เมื่อจำเป็นต้องใช้น้ำปลอดเชื้อหลังการบำบัด น้ำปราศจากแร่ธาตุที่ผลิตโดยโรงบำบัดแลกเปลี่ยนไอออนควรได้รับการบำบัดด้วยความร้อน การฉายรังสีอัลตราไวโอเลต หรือการกรองที่ละเอียดมาก เตียงเรซินแลกเปลี่ยนไอออนสามารถบำบัดด้วยสารฆ่าเชื้อ เช่น ฟอร์มาลดีไฮด์ แต่ไม่สามารถใช้ความร้อนหรือคลอรีนได้ เนื่องจากจะทำให้เรซินเสียหายได้