ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาบาดแผลและรอยถลอก แต่บางแหล่งเตือนว่าไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ไม่สามารถฆ่าเชื้อแบคทีเรียทั้งหมดได้อย่างน่าเชื่อถือและอาจเป็นอันตรายต่อเนื้อเยื่อที่บำบัดรักษาได้ โมเลกุลของไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์มีอะตอมของออกซิเจนมากกว่าโมเลกุลของน้ำ โมเลกุลของไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์จึงทำหน้าที่เป็นตัวออกซิไดเซอร์ แบคทีเรียบางชนิดสามารถป้องกันตัวเองจากสิ่งนี้ได้ และบางชนิดก็ป้องกันไม่ได้ สูตรทางเคมีเขียนเป็น H2O2 และสูตรโครงสร้างคือ H-O-O-H สำหรับใช้ในบ้าน ขายเป็นสารละลาย 3 เปอร์เซ็นต์ในน้ำ
ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์เป็นสารทำความสะอาดบาดแผล
ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ทำความสะอาดบาดแผลโดยทำให้เลือดแห้งและคราบสกปรกหลุดออกมา นอกจากนี้ยังช่วยกำจัดเนื้อเยื่อที่ตายแล้วซึ่งเรียกว่าการขจัดออก มันจะเกิดฟองเมื่อสัมผัส และความฟุ้งซ่านนี้ช่วยทำความสะอาดแผลแบบกลไก คล้ายกับน้ำยาทำความสะอาดฟันปลอมที่เป็นฟอง อย่างไรก็ตาม มันยังสามารถทำลายเซลล์ที่เรียกว่าไฟโบรบลาสต์ ซึ่งจะสร้างเนื้อเยื่อเกี่ยวพันขึ้นใหม่เพื่อรักษาบาดแผล ด้วยเหตุนี้จึงไม่แนะนำให้ใช้ในระยะยาว
ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียจำกัด
ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ใช้กันอย่างแพร่หลายในฐานะสารต้านแบคทีเรีย แต่มีความคิดเห็นที่ตรงกันข้ามเกี่ยวกับประสิทธิภาพของไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ แบคทีเรียแอโรบิกบางชนิด เช่น Staphylococci หรือ "staph" มีเอนไซม์ที่เรียกว่า catalase ซึ่งจะสลายไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ลงในน้ำและออกซิเจน ทำให้เจือจางได้อย่างมีประสิทธิภาพ เมื่อไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์เกิดฟองเป็นรอย โฟมบางส่วนนั้นจะถูกปล่อยออกซิเจนโดยแบคทีเรียที่ป้องกันตัวเอง แต่โฟมบางส่วนมาจากไฟโบรบลาสต์ที่ถูกทำลายซึ่งมีคาตาเลสด้วย "การทดสอบคาตาเลส" ใช้ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์เพื่อตรวจสอบว่าตัวอย่างแบคทีเรียที่ไม่รู้จักเป็นแบบแอโรบิกหรือไม่ใช้ออกซิเจน
ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย
แม้ว่าไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์จะไม่ได้ผลในฐานะสารต้านแบคทีเรียเสมอไป แต่ก็เป็นสารฆ่าเชื้อแบคทีเรีย ซึ่งหมายความว่าจะยับยั้งการสืบพันธุ์ของแบคทีเรีย การทำเช่นนี้สามารถช่วยป้องกันการติดเชื้อที่แย่ลงโดยไม่ต้องฆ่าเชื้อแบคทีเรียทั้งหมด นอกจากนี้ยังสามารถฆ่าสปอร์ของเชื้อรา ทำให้เป็นสารฆ่าเชื้อรา และช่วยป้องกันการติดเชื้อรา ด้วยเหตุผลเหล่านี้ จึงใช้ฆ่าเชื้อพื้นผิวต่างๆ เช่น เขียงและเคาน์เตอร์
ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์เป็นยาฆ่าเชื้อในช่องปาก
Streptococci ในช่องปากหรือที่เรียกว่า "strep" ขาดเอนไซม์คาตาเลสและไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์มีประสิทธิภาพ กับพวกเขาในสารละลายร้อยละ 1.7 ดังนั้นสารละลายร้อยละ 3 จากขวดจึงเจือจางประมาณ by ครึ่ง. การขจัดคราบจะทำลายผนังเซลล์ แต่ต้องใช้เวลาประมาณ 10 นาทีจึงจะมีผล สามารถเจาะเข้าไปในบริเวณปริทันต์ระหว่างฟันและเหงือกได้ ปฏิกิริยาการเกิดฟองและการปล่อยออกซิเจนจะเปลี่ยนสภาพแวดล้อมของแบคทีเรียที่ไม่ใช้ออกซิเจน ยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย นอกจากนี้ยังมีผลของการฟอกสีฟันด้วยการฟอกสีฟัน