เทคนิคโครมาโตกราฟีดำเนินการในห้องปฏิบัติการทางวิทยาศาสตร์เพื่อแยกสารประกอบทางเคมีออกจากตัวอย่างที่ไม่รู้จัก ตัวอย่างถูกละลายในตัวทำละลายและไหลผ่านคอลัมน์ ซึ่งจะถูกคั่นด้วยการดึงดูดของสารประกอบกับวัสดุของคอลัมน์ แรงดึงดูดแบบมีขั้วและแบบไม่มีขั้วต่อวัสดุคอลัมน์นี้เป็นแรงกระทำที่ทำให้สารประกอบแยกตัวออกตามกาลเวลา โครมาโตกราฟีสองประเภทที่ใช้ในปัจจุบันคือแก๊สโครมาโตกราฟี (GC) และโครมาโตกราฟีของเหลวสมรรถนะสูง (HPLC)
แก๊สโครมาโตกราฟีจะทำให้ตัวอย่างกลายเป็นไอและถูกลำเลียงไปตามระบบโดยก๊าซเฉื่อย เช่น ฮีเลียม การใช้ไฮโดรเจนทำให้เกิดการแยกตัวและประสิทธิภาพที่ดีขึ้น แต่ห้องปฏิบัติการหลายแห่งห้ามไม่ให้ใช้ก๊าซนี้เนื่องจากมีลักษณะไวไฟ เมื่อใช้โครมาโตกราฟีของเหลว ตัวอย่างจะยังคงอยู่ในสถานะของเหลวและถูกผลักผ่านคอลัมน์ภายใต้แรงดันสูงโดยตัวทำละลายต่างๆ เช่น น้ำ เมทานอล หรืออะซิโตไนไทรล์ ความเข้มข้นที่แตกต่างกันของตัวทำละลายแต่ละชนิดจะส่งผลต่อโครมาโตกราฟีของสารประกอบแต่ละชนิดที่แตกต่างกัน การให้ตัวอย่างยังคงอยู่ในสถานะของเหลวจะเพิ่มความคงตัวของสารประกอบ
คอลัมน์แก๊สโครมาโตกราฟีมีเส้นผ่านศูนย์กลางภายในที่เล็กมาก และมีความยาวได้ตั้งแต่ 10 ถึง 45 เมตร คอลัมน์ที่ทำจากซิลิกาเหล่านี้ขดตามกรอบโลหะทรงกลมและให้ความร้อนที่อุณหภูมิ 250 องศาฟาเรนไฮต์ คอลัมน์โครมาโตกราฟีของเหลวยังมีซิลิกาเป็นหลัก แต่มีปลอกโลหะหนาเพื่อทนต่อแรงดันภายในในปริมาณสูง เสาเหล่านี้ทำงานภายใต้อุณหภูมิห้องและมีความยาวตั้งแต่ 50 ถึง 250 เซนติเมตร
ในแก๊สโครมาโตกราฟี ตัวอย่างที่ฉีดเข้าสู่ระบบจะถูกทำให้เป็นไอที่อุณหภูมิประมาณ 400 องศาฟาเรนไฮต์ก่อนที่จะส่งผ่านคอลัมน์ ดังนั้น สารประกอบจะต้องสามารถทนความร้อนที่อุณหภูมิสูงได้โดยไม่แตกหรือย่อยสลายเป็นโมเลกุลอื่น ระบบโครมาโตกราฟีของเหลวช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถวิเคราะห์สารประกอบที่มีขนาดใหญ่ขึ้นและมีความเสถียรน้อยกว่า เนื่องจากตัวอย่างไม่ได้รับความร้อน