มีสัตว์ใกล้สูญพันธุ์มากมายในทุกแหล่งที่อยู่อาศัยในโลก รวมทั้งชีวนิเวศน้ำจืด ไบโอมน้ำจืดเป็นสถานที่ของน้ำที่มีความเข้มข้นของเกลือต่ำ ที่อยู่อาศัยประเภทนี้ ได้แก่ ลำธาร แม่น้ำ สระน้ำ ทะเลสาบ และพื้นที่ชุ่มน้ำ สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม สัตว์เลื้อยคลาน และปลาหลายชนิดกำลังตกอยู่ในอันตรายจากการสูญพันธุ์ในชีวนิเวศน้ำจืดหลายแห่งทั่วโลก
ฮิปโปโปเตมัส
•••Jupiterimages/Photos.com/Getty Images
ชื่อกรีกของฮิปโปโปเตมัสคือ "ม้าแม่น้ำ" พบได้ทั่วแอฟริกาในแม่น้ำและทะเลสาบ มันใช้เวลาถึง 16 ชั่วโมงต่อวันในน้ำจืดเพื่อให้ร่างกายเย็น มันเดินบนก้นแม่น้ำหรืออยู่ในน้ำตื้น ในเวลากลางคืน ฮิปโปเดินทางเป็นไฟล์เดียวได้ไกลถึงหกไมล์บนบกเพื่อกินหญ้า ฮิปโปถูกจัดให้อยู่ในรายชื่อสัตว์ใกล้สูญพันธุ์ในปี 2549 ภัยคุกคามที่ใหญ่ที่สุดสำหรับสายพันธุ์นี้มาจากนักล่าที่ฆ่างาช้างในฟันของมัน
จระเข้อเมริกัน
•••Jupiterimages/Photos.com/Getty Images
จระเข้อเมริกันเป็นสัตว์เลื้อยคลานชนิดหนึ่งที่พบในเม็กซิโกตะวันตก เอกวาดอร์ และฟลอริดาตอนใต้ มีหางยาวและลำตัวมีกล้ามที่เลื้อยผ่านน้ำ มีเท้าเป็นพังผืดเพื่อให้เดินบนบกได้ จระเข้อเมริกันกินปลา แมลง สัตว์เลื้อยคลานและนก มันใช้กรามที่แข็งแรงและฟันที่แหลมคมเป็นแถวเพื่อจับเหยื่อ เมื่อจับได้ มันจะลากเหยื่อไปใต้น้ำและต่อสู้กันจนเหยื่อตาย ในอดีตมันถูกล่าโดยมนุษย์เพื่อเอาผิวหนังของมัน และตอนนี้มันถูกคุกคามเนื่องจากการสูญเสียแหล่งที่อยู่อาศัยของพื้นที่ชุ่มน้ำ
เต่ากล่องโกอาวีลัน
เต่ากล่องโกอาวีลันมีถิ่นกำเนิดในพื้นที่ชุ่มน้ำ Cuatro Cienegas ของเม็กซิโก ใช้เวลา 90 เปอร์เซ็นต์ในน้ำจืดเพื่อรักษาความเย็นจากแสงแดดในทะเลทราย พบได้ในแม่น้ำ แอ่งน้ำ และน้ำพุ เต่าเหล่านี้กินแมลงและพืชและไม่ชอบเสี่ยงภัยไกลบ้าน ประมาณว่าเหลือเพียงไม่กี่พันคนในเม็กซิโก เนื่องจากที่อยู่อาศัยสูญเสียไปจากการชลประทานและความแห้งแล้ง
พะยูน
•••Jupiterimages/Photos.com/Getty Images
พะยูนเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่อาศัยอยู่ในแม่น้ำในแอฟริกาและอเมริกาใต้ พะยูนอาศัยอยู่เป็นคู่หรือเป็นกลุ่มเล็กๆ เช่นเดียวกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในทะเล มันต้องหายใจที่ผิวน้ำ แต่ไม่เช่นนั้นจะอาศัยอยู่ในน้ำตลอดเวลา มีหางที่แข็งแรงช่วยให้เดินทางได้โดยเฉลี่ย 5 ไมล์ต่อชั่วโมง มันเกิดใต้น้ำและภายในหนึ่งชั่วโมงสามารถว่ายน้ำโดยลำพังได้ มันกินวัชพืช สาหร่าย และหญ้าน้ำ และมีชีวิตอยู่ในป่าถึง 40 ปี พะยูนถูกคุกคามเนื่องจากการสูญเสียที่อยู่อาศัยและมีความเสี่ยงที่จะถูกฆ่าโดยใบพัดเรือยนต์
ปลากระเบนน้ำจืดแม่น้ำโขง
ปลากระเบนน้ำจืดลุ่มแม่น้ำโขงตั้งอยู่ในระบบแม่น้ำโขงและแม่น้ำเจ้าพระยา เป็นหนึ่งในปลาที่ใหญ่ที่สุดในโลก มีลำตัวกว้างแบนและมีครีบคล้ายปีก มันกินสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังที่อยู่ด้านล่างเนื่องจากมันใช้เวลาส่วนใหญ่อยู่ก้นแม่น้ำ ปลากระเบนน้ำจืดลุ่มแม่น้ำโขงกำลังตกอยู่ในอันตรายเนื่องจากการตกปลามากเกินไป ขายเป็นอาหารอันโอชะ และบางครั้งปลากระเบนก็ติดอยู่ในอวนจับปลาโดยไม่ได้ตั้งใจ