När du har kört DNA-prover på en agarosgel och tagit en bild kan du spara bilden för senare, vid vilken tidpunkt du kan analysera resultaten och tolka dem. Vilka saker du letar efter beror på ditt experiment. Om du till exempel gör DNA-fingeravtryck vill du jämföra storleken på DNA-bitar från två prover - från den misstänkta och från ett brottsplatsprov, kanske. Om du arbetar med plasmider från bakterier kan du däremot behöva se till att plasmiden innehåller insatsen. Följaktligen beror hur du tolkar din gel delvis på det experiment du gjorde. Ändå finns det några allmänna regler som du kan tillämpa.
Observera att du kanske eller inte behöver använda instruktionerna i detta avsnitt. Agarosgelelektrofores används ofta för att bekräfta att en plasmid innehåller en given insats. Om du inte arbetar med plasmider kan du hoppa över det här avsnittet. Om du är, kan du dock följa dessa instruktioner.
Observera att om du arbetar med oklippta eller nickade plasmider kan du inte uppskatta storleken med hjälp av proceduren från avsnitt 1 ovan. Det beror på att oklippta och nickade plasmider migrerar i olika takt från linjärt DNA.
Jämför antalet band i varje fil. Minns att ett restriktionsenzym skär DNA vid platser där en given sekvens som kallas restriktionsstället förekommer. Om ett prov behandlades med TVÅ restriktionsenzymer, bör ett band för insatsen och ett band för resten av plasmiden vara närvarande. Det beror på att insatsen kommer att flankeras av två restriktionsställen, vardera för ett annat enzym, så att skär på båda dessa platser frigör insatsen från plasmiden. En skärning på endast ett ställe, däremot, omvandlar plasmiden till linjärt DNA. Ett prov som klipps utan restriktionsenzymer eller ett restriktionsenzym bör därför ha ett enda band, medan ett prov som klipps med två restriktionsenzymer bör innehålla två band.
Håll utkik efter band som skapats av nicked plasmid DNA. En nickad plasmid har endast ett snitt i en enda sträng, så den migrerar långsammare än en skuren plasmid. Skurna plasmider migrerar i sin tur långsammare än oklippt DNA.
Uppskatta storleken på insatsen med hjälp av proceduren som beskrivs i avsnitt 1 och avgöra om den matchar dina förväntningar (som varierar beroende på experimentet.)
Saker du behöver
- Penna
- Papper
- Kalkylprogram
- Bild på din gel
- Linjal