Även om naturliga krafter kan förstöra eller anstränga en djurpopulation har människans aktiviteter i allt större utsträckning orsakat ett stort antal djur i fara. Visserligen har vissa djur och växter, särskilt husdjur som grödor, boskap och husdjur, gynnats och till och med blomstrat av de förändringar som människan har gjort i världen. Vissa djurpopulationer har emellertid utsatts för ett enormt tryck till följd av dessa förändringar och i vissa fall sjunker populationerna till betydligt lägre nivåer. Små populationer eller organismer med begränsad fördelning är extremt känsliga för de faktorer som orsakar hot, oavsett om man förlitar sig på ordets vanliga mening eller definitionen av utrotningshotade arter som finns i Federal lag.
Förlust av livsmiljö
En av de viktigaste orsakerna till utrotningshotade djur är förlust av livsmiljöer. Medan livsmiljöer kan gå förlorade på grund av naturliga krafter (klimatförskjutningar, geologiska förändringar) beror mycket av livsmiljön förlorat idag på mänsklig aktivitet. Byggandet av dammar, motorvägar, kanaler, urbanisering och jordbruk påverkar dramatiskt invånarna i inhemska ekosystem. Även när delar av ekosystemet förblir intakta och skapar "öar" kan den resulterande livsmiljön vara för liten eller för spridd för att stödja en art.
Invasiva arter
Invasiva arter är en av de viktigaste biotiska orsakerna till att djur hotas. Många arter som anländer till ett nytt ekosystem är dåligt anpassade och dör snabbt av. Vissa arter kan dock utnyttja ekosystemet till nackdel för inhemska organismer. Små ekosystem som de på öarna påverkas avsevärt av införandet av invasiva arter men även infödda kontinentala och oceaniska befolkningar kan förstöras genom konkurrens eller predation av inkräktare.
Överexploatering av resurser
Överfiske av en viss fiskart är en uppenbar och direkt orsak till att ett djur hotas. Men andra organismer inom ekosystemet kan också skadas (eller gynnas) av överexploatering av en viss art. Till exempel orsakade oro för att den kaliforniska havsuttern förstörde abalone-befolkningen urskillningslös avlivning av havsuttrar, vilket förändrar balansen i den biotiska konkurrensen mellan flera organismer. Minskningen av havsuttrar ledde till en explosion i beståndet av sjöborrar som betade på kelpfästet. När kelpen bröt sig loss från botten och tvättades i land placerades organismer som var beroende av kelpskogarna under ökad belastning.
Patogener och sjukdomar
Spridningen av tama djur har också spridit de sjukdomar som är förknippade med dem till nya områden i världen. I vissa fall infekterade sjukdomarna infödda befolkningar som hade liten resistens mot den invaderande patogenen. Dessa sjukdomar kan nå epidemiska nivåer i den infödda befolkningen och minska antalet.
Miljöförorening
Föroreningar i många former har hotat många djur. Bekämpningsmedel och andra kemikalier som introduceras i ett ekosystem kan påverka oriktade arter avsevärt. Till exempel var DDT som används för att bekämpa myggor så småningom kopplad till försämringar av reproduktionsgraden hos fåglar. Andra former av föroreningar som värme-, ljus- och bullerföroreningar kan var och en minska överlevnadsgraden för lokala djurpopulationer.