Електрофореза у гелу једна је од главних метода коришћених у молекуларној биологији за анализу ДНК. Ова метода укључује миграцију фрагмената ДНК кроз гел, где се они одвајају на основу величине или облика. Међутим, чак ни научно оправдана метода попут гел електрофорезе није имуна на грешке.
Како функционише електрофореза
•••Језперклаузен / иСтоцк / Гетти Имагес
Електрофореза у гелу подразумева употребу гела који се обично прави од полимера као што је агароза. Гел је уроњен у пуферски раствор који проводи електрично поље. Узорак ДНК од интереса се прво фрагментира помоћу рестрикционих ензима, а затим се убризга у гел. Када се укључи електрично поље, фрагменти ДНК у гелу мигрирају према позитивној електроди. Ако су фрагменти ДНК различитих величина, тада ће се времена миграције разликовати за сваки фрагмент величине. Затим се фрагменти визуализују помоћу боје или ауторадиографије и видљиви су као траке у гелу.
Контаминација узорка
•••аиаикава / иСтоцк / Гетти Имагес
Главна примена електрофорезе је средство за анализу ДНК у молекуларној биологији, али се такође користи у форензици као средство за идентификовање узорака са места злочина. Важно је да се извори грешака у овој техници сведу на минимум како би се добили тачни резултати. Један извор грешке је контаминација узорка ДНК. Ако у узорку постоји страна ДНК, гел ће имати више трака него што би се могло наћи у гелу који садржи само пречишћени узорак.
Проблеми са гелом, струјом и пуфером
•••ИндиаИмагес / иСтоцк / Гетти Имагес
Концентрација гела такође мора бити тачна како би се избегле грешке. Ако је концентрација превисока или прениска, фрагменти ће мигрирати или преспоро или пребрзо. То ће довести до грешака у решавању различитих опсега. Током рада електрофорезе мора се водити рачуна да напон буде стабилан. Све флуктуације напона резултираће несталном миграцијом фрагмената ДНК, што ће довести до грешака у читању трака. Раствор пуфера такође мора бити правилног састава, јер ће пуфер погрешног пХ или јонске концентрације променити облик фрагмената ДНК, мењајући и њихова времена миграције.
Правилна визуелизација
•••Инграм Публисхинг / Инграм Публисхинг / Гетти Имагес
Најважније је да се гел мора правилно визуализовати. Ако је концентрација боје или радиоактивне сонде која се користи за визуализацију узорака превисока, резултујућа слика ће бити врло неуредна, јер ће се такође приказати заостали фрагменти. Ако је концентрација гела прениска, неће доћи до визуализације. Када се у свим фазама прате тачни процеси, гел електрофореза ће дати тачне резултате и могу се користити са великим поуздањем. Као и код свих научних поступака, и електрофореза у гелу може бити склона грешкама, али оне се могу минимизирати правилном припремом и руковањем.