Организми који живе у срединама које би наштетиле или убиле већину ствари називају се екстремофили. Када та екстремна средина има врло низак пХ, углавном испод три, они су познати као ацидофили. Ацидофилне бактерије живе на разним местима, од отвора на дну мора до термалних карактеристика у Жути камен за људски желудац, и сви имају прилагођавања која ће им помоћи да преживе у тешким, киселим условима.
Хелицобацтер пилори
Хелицобацтер пилори је врста бактерија која се налази у људском желуцу и одговорна је за 80 до 90 процената чира на желуцу (видети референцу 3). Обликован је попут шрафа са неколико бичева који му помажу у кретању. Људски стомак може имати пХ низак од два, довољно кисео да денатурира протеине, почне да вари храну и убије већину бактерија. Хелицобацтер пилори је ацидофилни, али радије не би трошио енергију чувајући се од штетних ефеката киселине, па проводи много свог времена закопан дубоко у желудачној слузи. Када треба да се премешта са места на место, изолује се заштитним мехурићем пуферског раствора који неутралише киселину.
Тхиобациллус ацидопхилус
Тхиобациллус ацидопхилус је пример термо-ацидофила, што значи бактерија која воли изузетно вруће и изузетно кисело окружење. Налази се у киселим басенима гејзира у Националном парку Јелоустон, као и на другим местима. Занимљив је и зато што је способан за фотосинтезу, односно добијање енергије од сунца. Као и већина ацидофилних бактерија, преживљава коришћењем врло ефикасне протонске пумпе да спречи улазак превише атома водоника и промену унутрашњег пХ.
Ацетобацтер ацети
Већина ацидофилних бактерија користи адаптације како би одржала свој унутрашњи пХ неутралним, тако да киселина не денатурира њихове протеине, али Ацетобацтер ацети је модификовао своје протеине тако да им киселина не штети окружења. Студија у примењеној микробиологији животне средине пронашла је више од 50 специјализованих протеина који су еволуирали како би помогли бактерији да се избори са киселим условима. Сва ова адаптација је добра за људе, јер већ хиљадама година користимо ову врсту за стварање сирћетне киселине или сирћета.
Олиготропха цорбокидоворанс
У дубоком мору где светлост не продире, термални отвори на морском дну избацују киселину и друге токсичне материјале. Ови отвори чине основу за невероватан екосистем. Има једна дагња која живи међу термалним отворима симбиотски однос са Олиготропха цорбокидоворанс. Дагња пружа дом, а бактерије троше водоник да би створиле енергију за обоје. Атоми водоника чине системе киселим, а ове бактерије су пронашле начин да користе водоник и претворе се у минијатурне горивне ћелије.