Филипини су земља богата биодиверзитетом и ендемизмом, са много природних ресурса који доприносе економији и локалним заједницама. Обалне линије и обална станишта су од посебне важности, с тим што рибарство, пољопривреда и индустрија зависе од пловних путева и морског окружења земље. Пријетње губитку станишта и биодиверзитета долазе из различитих пракси, укључујући крчење земљишта, неодрживи риболов и загађење.
Губитак шумског покривача
Између 2000. и 2005. Филипини су годишње губили нешто више од два одсто шумског покривача. Ово је била друга највиша стопа у југоисточној Азији. Од 2005. године сматрало се да је остало само три процента примарне шуме. Брза сеча шума резултира разним претњама за екосистеме, укључујући губитак биодиверзитета, ерозију тла, поплаве, клизишта и смањен квалитет воде. Шуме су угрожене комерцијалним рударством и сечом шума.
Деградација коралних гребена
Филипини су глобални центар за биодиверзитет морских обала. Нелегално сакупљање и извоз корала и живе гребенске рибе резултирало је значајним штетним ефектима на биодиверзитет, стање коралних гребена, покривач морске траве и бројност риба. Само 5 посто гребена задржава преко 75 посто живог коралног покривача. Деструктивне праксе риболова укључују прекомерни риболов, риболов кочама, динамит и цијанид, где се цијанид раствара у води и убризгава у гребене, док друге претње долазе од загађења и ерозија.
Пријетње мангровима
Пријетње мангровима укључују прекомјерну бербу, загађење и уклањање земљишта за пољопривреду и насељавање људи. Узгој шкампа резултира готово неповратном и економски скупом штетом на том подручју, што је још више забрињавајуће јер фарме шкампа постају неисплативе након само три до пет година. Уништавање мангрова је такође повезано са деградацијом коралних гребена, јер гребени штите мангрове од јаких таласа и струја који испирају фини седимент на коме расту мангрове.
Губитак биодиверзитета
Филипини се сматрају мегабиоразноврсном земљом. Има пуно јединствене флоре и фауне; у ствари, готово половина његових копнених кичмењака и до 60 посто васкуларних биљака јединствено је за земљу. Стопа губитка биодиверзитета огледа се у неким шокантним налазима. Од 2006. године, нешто више од 20 процената врста кичмењака је оцењено као угрожене од стране Међународне уније за заштиту природе. Око 127 врста птица сматрају се угроженима, а домаћи филипински какаду, некада раширен, сада је критично угрожен.