DNK
Deoksiribonukleinska kislina in beljakovine. DNA je organizirana v enote, imenovane geni, od katerih vsaka kodira določeno zaporedje RNA ali proteinov. Gene preučujejo, da bi spoznali biološko strukturo in delovanje, evolucijo, bolezni in številne druge vidike živih sistemov. Za podrobno preučevanje genov je treba DNK izolirati in očistiti iz zanimivih celic.
Ekstrakcija DNA
Čeprav je mogoče iz ene celice izvleči in preučiti DNK, je premalo videti s prostim očesom. Če želite dobiti količino, ki zadostuje za navijanje, več celic morate delati, bolje (več milijonov).
Natančni protokoli se zelo razlikujejo glede na edinstvene značilnosti določenih vzorcev, vendar so splošni koraki homogenizacija, liza, prebava, ločevanje in zbiranje. Postopek je najbolje izvesti v majhni (odvisno od velikosti vzorca) stekleni ali plastični cevi.
Vzorec je običajno zmešan ali zmlet, da se celice temeljito ločijo med seboj. Tako so celične sestavine bolj dostopne reagentom, ki sledijo. Nato homogenatu dodamo detergent ali encime, da liziramo celične membrane (in jedrske membrane, če so celice evkariontske), da sprostimo DNA. Na tej točki je DNA obkrožena z beljakovinami, lipidi, ogljikovimi hidrati, vsem drugim, kar je bilo v celicah.
Za razgradnjo beljakovin bo morda potrebna nadaljnja encimska prebava, da se ne vežejo na DNA in motijo njeno zbiranje. DNA se loči od preostale celične vsebine z dodajanjem hladnega, čistega, etilnega ali izopropilnega alkohola. DNA v teh alkoholih ni topna, zato se bo zgostila, da bi poskušala čim bolj zmanjšati svoj stik z alkoholom. Kondenzirana DNA se nato zbere, ponavadi s centrifugiranjem ali navijanjem.
Spooling DNA
Zbiranje DNK z navitjem je učinkovito, če v postopku ekstrakcije dobimo veliko količino DNK. Je tudi odlična demonstracijska metoda, saj je jasno viden impresiven preplet čiste DNA.
Za namotanje DNK je treba postopek ločevanja izvesti previdno. Če ni bil del predhodno dodane mešanice liznega reagenta, je treba raztopini pred korakom dodajanja alkohola dodati koncentrirano raztopino soli (natrijev klorid). Hladen alkohol počasi vlijemo po strani epruvete, da na vrhu vodne raztopine tvorimo plast, pri čemer se izognemo mešanju. Če je pravilno narejeno, bo alkohol na vrhu slane plasti ustvaril svojo plast. Nato pride do namotavanja.
Če želite zbrati DNK iz slane plasti, previdno namestite stekleno mešalno palico skozi alkoholno plast, dokler se ne dotakne dna cevi. Počasi vrtite palico med prsti, medtem ko pazite na vmesnik med obema plastema. Če je prisotne dovolj DNA, se bo na meji med plastmi strnila in ustvarila mlečno prosojno maso. Zavrtite palico, da ovijete DNK okoli nje (to je tuljava) in jo potegnite iz cevi. DNA lahko prenesemo v drugo epruveto čistega alkohola za shranjevanje ali nadaljnjo analizo.
