Bakterije in drugi mikrobi so pogosto povezani z boleznimi, vendar imajo pomembno vlogo v procesu recikliranja odpadkov. Odgovorni so za biorazgradnjo organskih materialov in recikliranje hranil v naravnem okolju. Poleg te temeljne vloge so mikrobi bistveni tudi za faze fermentacije recikliranja odpadkov, biorazgradnja nafte v morskih ekosistemih, koristna pri čiščenju odpadnih voda in pri proizvodnji alternativna energija.
Naravna biološka razgradnja
Mikroorganizmi reciklirajo hranila v okolju z razgradnjo organskih snovi. Organski materiali, kot so trupla živali in debla, propadajo z delovanjem razpadajočih mikrobov, ki so prav tako odgovorni za odstranjevanje industrijskih in gospodinjskih odpadkov. Skozi proces, imenovan biorazgradnja, mikrobi za svoje preživetje uporabljajo hranila in kemične snovi, ki jih najdemo v okolju. Hranila iz razgradnje teh proizvodov se v okolju prosto hranijo za rastline ali alge, ki nato hranijo vse živali.
Fermentacija
Ljudje že od antičnih časov uporabljajo bakterije, kvasovke in druge mikrobe za proizvodnjo številnih živil in pijač. Kruh je rezultat mikrobne fermentacije sladkorjev, da nastane ogljikov dioksid, ki se sprosti v testu, zaradi česar kruh vzhaja. Mikrobi so prav tako bistveni pri proizvodnji piva in vina, saj pretvarjajo sladkor v alkohol. Fermentacija mikrobov je tudi korak med kemijskim postopkom recikliranja odpadkov. Aspergillus carbonarius je mikroorganizem, ki se uporablja pri biorazgradnji kromovih ostružkov, ki so del odpadkov iz usnja.
Biorazgradnja nafte
Mikrobi, ki porabljajo ogljikovodike, na primer Alcanivorax borkumensis, se uporabljajo za čiščenje razlitja nafte, zlasti v globokih vodah. Glede na članek, objavljen v "Scientific American", so mikrobi edini proces, ki razgradi olje globlje v vodi, medtem ko lahko fizikalne procese, kot so izhlapevanje ali valovi, uporabimo na površini vode. Bakterije razgradijo obročaste strukture ogljikovodikov v olju z uporabo encimov in kisika v morski vodi. Bakterije, ki porabijo olje, se naravno pojavljajo v vseh oceanih sveta, od Arktike do Antarktike.
Proizvodnja energije
Pri razgradnji pivovarskih odpadkov in drugih organskih materialov lahko mikrobi proizvajajo plin metan, ki je glavna sestavina zemeljskega plina. Od februarja 2011 znanstveniki z univerze Cornell v New Yorku raziskujejo tudi uporabo mikrobnih združb za proizvodnjo tekočih biogoriv, poroča Science Daily. Anaerobni mikroorganizmi, ki živijo v okoljih s pomanjkanjem kisika, lahko pretvorijo tudi mešanico gnoja in energetskih rastlin, kot so:
- sladkorni trs
- koruza
- v elektriko