Ekosistem Florida Keys sestavljajo različni habitati, vključno z mangrovami, koralnimi grebeni in borovci, ki so bogati z edinstvenimi vrstami. Tudi ljudje smo del ekosistema in njihove dejavnosti vplivajo na vse habitate ter živali in rastline, ki jih naseljujejo. Ekosistem Keys je sestavljen iz majhnega območja zemlje, zato so vplivi človekovih dejavnosti povečani. Učinki vključujejo onesnaževanje vode, več invazivnih vrst, prelov, negativne učinke čolnarjenja in urbanega razvoja ter globalne podnebne spremembe.
Človeška populacija na območju, znanem kot Jugovzhodna Florida ali Florida Keys, se je od leta 1970 do 2008 povečala za več kot 3,9 milijona. Oranžni nasadi so umaknili stanovanjska naselja, trakove, industrijo in avtoceste. Te spremembe so povzročile uničenje naravnih habitatov. Poleg tega se je povečalo onesnaževanje vode zaradi čiščenja odplak in septičnega prelivanja ter odtekanja neviht, ki vsebujejo olje, pesticide in težke kovine.
Leta 2010 je bilo tipk 3,8 milijona obiskovalcev. Mnogi od teh obiskovalcev so se ukvarjali z dejavnostmi, kot je ribolov. Poleg turistov in prebivalcev, ki se ukvarjajo s temi rekreacijskimi dejavnostmi, je na tem območju tudi gospodarski ribolov velika panoga. Prekomerni ribolov je v ekosistemu Keys izčrpal vrste, zaradi česar so ostale manjše ribe in spremenjene interakcije zapletene prehrambene mreže.
Čolnarjenje na tem območju ni povzročilo le neposrednih poškodb morskih kravov, ki so jih povzročili propelerji, temveč so propelerji brazgotini povzročili tudi velike površine morske trave. Čolni nasukajo in poškodujejo koralne grebene, ko sidra strgajo čez te občutljive formacije. Vsako leto se v tipkah zgodi več kot 500 ozemljitev. To uniči življenjski prostor in negativno vpliva na celotno prehranjevalno verigo, kar vodi do nadaljnje izgube vrst.
Ko se ljudje gibljejo, s seboj pripeljejo vrste z drugih območij, ki se lahko spustijo v ekosistem. Te vrste se lahko naselijo in ker nimajo plenilcev, postanejo zelo uspešne, konkurenčne avtohtone vrste in spreminjajo dinamiko celotnega ekosistema. Invazivne živali in rastline na Florida Keys vključujejo lionfish in gvinejsko travo. Poleg vseh teh neposrednih in posrednih vplivov na lokalno okolje bodo po pričakovanjih učinki globalnega segrevanja ogrevali vode v območje za 4 do 10 stopinj Fahrenheita in dvig morske gladine, kar lahko povzroči prehitre spremembe, da bi ekosistem lahko popravilo.