Primarni učinek uničevanja habitatov je zmanjšanje biotske raznovrstnosti, ki se nanaša na raznolikost in številčnost različnih vrst živali in rastlin v določenem okolju. Ko žival izgubi naravni dom ali življenjski prostor, ki ga potrebuje za preživetje, njeno število hitro upada in gre proti izumrtju. Ocenjuje se, da 14.000 do 35.000 vrst tvega izumrtje, uničevanje habitatov pa je eden glavnih vzrokov.
Opraševanje in razprševanje semen
Divje in kmetijske rastline so za razmnoževanje odvisne od opraševanja. Sadje in zelenjava, ključni sestavini človeške prehrane, sta odvisna od prenosa cvetnega prahu s cvetja na cvet od čebel in drugih žuželk. Ko uničevanje habitatov zmanjša sorte teh opraševalcev, se tudi donos pridelkov zmanjša. Na primer, brezbodne čebele v Kostariki, ki gnezdijo le v gozdovih, povečajo donos v nasadih kave v bližini gozdnih zaplat za 20 odstotkov. Številne rastline se za razprševanje semen zanašajo tudi na živali, zlasti tiste, ki jedo sadje. Uničevanje habitata živali te vrste lahko močno prizadene rastlinske vrste, ki so odvisne od njih.
Podnebna uredba
Biotska raznovrstnost vpliva na podnebje predvsem z uravnavanjem količine ogljikovega dioksida v ozračju. Uničevanje gozdnih habitatov zmanjšuje sposobnost gozdov, da absorbirajo ogljikov dioksid. Stopnja rasti in olesenelost rastline določa stopnjo prometa ogljika v njej. Pomembni so tudi krajinski vzorci, saj se na robovih gozdnih drobcev zmanjša sekvestracija ogljika. Tudi morski ekosistemi imajo pomembno vlogo pri sekvestraciji ogljika.
Nadzor škodljivcev in bolezni
Škodljivci so pogosto usmerjeni na določene vrste rastlin. Ko so habitati uničeni in se rastlinska raznolikost zmanjša, okolje vsebuje več določene vrste rastlin. Tako se škodljivci lažje širijo. Rastlinska raznolikost zagotavlja habitate za večje število žuželk in drugih živali ter naravne sovražnike škodljivcev. Glivične rastlinske bolezni so hujše na območjih monokulture, kjer gojijo eno vrsto pridelka.
Posredni učinki
Proizvodnja hrane, oblačil in zavetja za ljudi je na več posrednih načinov odvisna od biotske raznovrstnosti ekosistemov. Velika raznolikost kmetijskih pridelkov ščiti kmete pred propadom pridelka. Uničenje habitatov in zmanjšanje raznovrstnosti vrst lahko naredi ekosisteme bolj ranljive za invazivne vrste in posredno vpliva na zdravje in dobro počutje ljudi. Učinek invazivnih vrst ponazarja, kaj se je zgodilo ob vnosu basa v jezero Gatun v Panami. Prisotnost basa je povzročila zmanjšanje plenilcev ličink komarjev in povečanje incidence malarije.
