Nahaja se delno v severnih Andih, z obalami v Tihem oceanu in Karibskem morju, Edinstvena geografija Kolumbije ustvarja pet zelo značilnih ekosistemov znotraj njenih meja: alpska tundra ali paramo; deževni gozd; visokogorski oblačni gozdovi; obalne regije; in ravnice - ali los llanos. Ker je Kolumbija tako blizu ekvatorja, ne gre skozi pomembnejše sezonske razlike.
Paramos
Paramosi so visokogorski tropski ekosistemi, ki jih znanstvena skupnost šele začenja razumeti. Raziskave so pokazale, da ti edinstveni ekosistemi ustvarjajo nove vrste hitreje kot kateri koli drugi ekosistem na Zemlji. V kolumbijskih paramosih živi 68 vrst frailejonov, cvetočih rastlin, ki zajemajo vodo iz megle. Skupaj z lišaji in mahom ekosistema, frailejoni filtrirajo in uravnavajo vodo, ki sčasoma preide v nižje višine Kolumbije. V kolumbijskih paramosih živi tudi približno 5000 drugih edinstvenih rastlinskih vrst.
Oblačni gozdovi
Kolumbijski oblačni gozdovi sedijo tik pod paramosom v višini. Ti gozdovi so vključeni v nacionalni park Las Orquídeas, poimenovan po več kot 200 vrstah orhidej, ki jih tam najdemo. Oblačni gozdovi vsebujejo tudi številne druge vrste, ki izvirajo iz Kolumbije, vključno z vrstami jaguarja, pume, opic, jelenov, ptic, netopirjev in žuželk. Oblačni gozdovi so tudi dom ogroženega očala medveda. Znanstveniki verjamejo, da lahko podnebne spremembe vplivajo na medvedove najljubše rastline, ki jih jedo - in jih prisilijo, da močneje in dlje iščejo hrano in jim morda dajo konkurenco drugim vrstam.
Amazonski deževni gozd
Približno tretjino Kolumbije pokriva Amazonka; Tako kot ostali največji deževni gozdovi na svetu je tudi to območje dom številnim edinstvenim vrstam. Leta 2013 so raziskovalci razkrili odkritje dveh novih vrst v kolumbijski Amazoniji: Cercosaura hypnoides in Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides je majhen črni kuščar, za katerega velja, da je ogrožen, Callicebus caquetensis pa je ena od približno 20 vrst opic titi, ki živijo v Amazoniji. Ko so te opice dojenčki, svojo zadovoljnost in naklonjenost pokažejo z mukanjem, kot so mladiči.
Obalne regije
Obalne regije Kolumbije, ki ležijo na mejah vodnih in kopenskih ekosistemov, so dom predvsem gozdov mangrov. Zaradi velike količine razpadajočih organskih snovi so v teh obalnih ekosistemih veliko rib. Mangrove gozdovi vsebujejo številne vrste mangrov, pa tudi naraščajočo populacijo morskih školjk in mehkužcev; lokalne skupnosti pogosto nabirajo školjke, znane kot piangua hembra. Številni sesalci naseljujejo te mangrove gozdove, vključno s tigrovimi mačkami, nutrijami in divjimi prašiči, znanimi kot "tatabro".
Los Llanos (Ravnice)
Travniki ali Los Llanos ležijo v glavnem okoli porečja reke Orinoko, ki se nahaja med Kolumbijo in Venezuelo. V reki je dom domačega in ogroženega krokodila Orinoco, za katerega je znano, da je dolg 23 metrov. Želva Orinoko, orjaška vidra, orjaški armadilo in črno-kostanjev orel so druge ogrožene vrste Los Llanos. Ravnice gostijo tudi številne ptice selivke, kot so rumene noge in več vrst peščenjakov.