Ekosistem je skupek vseh bioloških in kemijskih lastnosti, značilnih za določeno ekološko skupnost. Vodni ekosistem izhaja iz interakcije med vodnim okoljem in živimi organizmi, ki ga naseljujejo. Dve vrsti vodnih ekosistemov sta sladkovodni in morski, glavna razlika pa je koncentracija slanosti. Vendar imajo ti ekosistemi več skupnih značilnosti.
Voda
Najbolj očitna povezava med morskimi in sladkovodnimi ekosistemi je voda, ki pokriva skoraj 75 odstotkov zemeljske površine. Tekoča voda je osnovna sestavina tako sladkovodnega kot slanega vodnega okolja. Ker je voda prozorna, lahko vodni fitoplanktoni uspevajo, ker lahko sončna svetloba prodre v najbolj zgornja območja. Tudi voda je polarna molekula, ki je primerna za vodikovo vez; zaradi tega je voda močno topilo za minerale in hranila, potrebna za življenje.
Osmoregulacija
Postopek uravnavanja osmotskega tlaka na tekočine v organizmu je bistven za vse sladkovodne in morske vrste. Osmoregulacija jim pomaga nadzorovati koncentracijo telesnih tekočin. Nekatere ribe, kot je losos, kažejo izjemno variabilnost osmoregulacije svoje homeostaze. To vključuje vzdrževanje pravilne koncentracije topljenih snovi in vode v njihovih telesih.
Fitoplankton
Fitoplanktoni so alge, ki naseljujejo zgornje plasti oceanov in sladkovodna telesa, kamor prodira sonce. Fitoplanktoni so glavni proizvajalci vodne prehranjevalne verige, ki svojo energijo pridobivajo s fotosintezo in posledično proizvajajo veliko kisika v zemeljski atmosferi. Kot osnova vodnega živilskega spleta zagotavljajo bistveno ekološko funkcijo za vse morsko in sladkovodno vodno življenje.
Okoljevarstveni problemi
Najbolj razširjen problem, ki vpliva na sladkovodne in morske ekosisteme, je onesnaženje, ki prihaja v obliki sproščanja stranski proizvodi človeške dejavnosti, kot so odplake, kmetijski odpadki, gnojila ter strupene ali inertne kemikalije, ki lahko uničijo vodne organizme. Evtrofikacija ali zaraščanje rastlin je posledica izpusta teh snovi v vodo. Vsi ti materiali imajo visoko vsebnost dušika in fosforja, ki spodbujajo eksponentno rast tako mikroskopskih kot makroskopskih rastlin v vodi. Sčasoma rastline odmrejo in zastajajo v vodi. Nato postopek razgradnje zmanjša raztopljeni kisik v vodi in onemogoča življenje.