Zatiaľ čo väčšina ľudí si predstaví zložený model z laboratórnej triedy, keď uvažuje o mikroskopoch, v skutočnosti je k dispozícii veľa typov mikroskopov. Tieto užitočné zariadenia denne používajú výskumní pracovníci, zdravotnícki technici a študenti; typ, ktorý si vyberú, závisí od ich zdrojov a potrieb. Niektoré mikroskopy poskytujú väčšie rozlíšenie s menším zväčšením a naopak a ich cena sa pohybuje od desiatok do tisícov dolárov.
Jednoduchý mikroskop
Jednoduchý mikroskop sa všeobecne považuje za prvý mikroskop. Vytvoril ho v 17. storočí Antony van Leeuwenhoek, ktorý skombinoval konvexný objektív s držiakom na vzorky. Zväčšenie bolo 200 až 300-krát, v podstate išlo o zväčšovacie sklo. Aj keď bol tento mikroskop jednoduchý, bol stále dostatočne silný na to, aby van Leeuwenhoekovi poskytol informácie o biologických vzorkách vrátane rozdielu v tvaroch medzi červenými krvinkami. Dnes sa jednoduché mikroskopy nepoužívajú často, pretože zavedenie druhej šošovky viedlo k silnejšiemu zloženému mikroskopu.
Zložený mikroskop
Vďaka dvom šošovkám ponúka zložený mikroskop lepšie zväčšenie ako jednoduchý mikroskop; druhý objektív zväčšuje obraz prvého. Zložené mikroskopy sú mikroskopy so svetlým poľom, čo znamená, že vzorka je osvetlená zospodu a môžu byť binokulárne alebo monokulárne. Tieto zariadenia poskytujú 1 000-násobné zväčšenie, ktoré sa považuje za vysoké, aj keď je rozlíšenie nízke. Toto veľké zväčšenie však umožňuje používateľom pozorne sa pozrieť na objekty príliš malé na to, aby ich bolo možné vidieť voľným okom, vrátane jednotlivých buniek. Vzorky sú zvyčajne malé a majú určitý stupeň priehľadnosti. Pretože zložené mikroskopy sú pomerne lacné, ale zároveň užitočné, používajú sa všade od výskumných laboratórií po učebne biológie na strednej škole.
Stereo mikroskop
Stereo mikroskop, nazývaný aj disekčný mikroskop, poskytuje zväčšenie až 300-krát. Tieto binokulárne mikroskopy sa používajú na sledovanie nepriehľadných objektov alebo objektov, ktoré sú príliš veľké na to, aby sa dali prezerať zloženým mikroskopom, pretože nevyžadujú prípravu podložných sklíčok. Aj keď je ich zväčšenie pomerne malé, stále sú užitočné. Poskytujú detailný 3-D pohľad na povrchové textúry objektov a umožňujú operátorovi manipulovať s objektom počas prezerania. Stereo mikroskopy sa používajú v biologických a lekárskych aplikáciách, ako aj v elektronickom priemysle, napríklad u tých, ktorí vyrábajú dosky s plošnými spojmi alebo hodinky.
Konfokálny mikroskop
Na rozdiel od stereoskopických a zložených mikroskopov, ktoré na tvorbu obrazu používajú bežné svetlo, používa konfokálny mikroskop na skenovanie vzoriek, ktoré boli zafarbené, laserové svetlo. Tieto vzorky sa pripravia na podložné sklíčka a vložia sa; potom pomocou dichromatického zrkadla prístroj vytvorí zväčšený obraz na obrazovke počítača. Prevádzkovatelia môžu tiež vytvárať trojrozmerné obrázky zostavením viacerých skenov. Rovnako ako zložený mikroskop, aj tieto mikroskopy ponúkajú vysoký stupeň zväčšenia, ale ich rozlíšenie je oveľa lepšie. Bežne sa používajú v bunkovej biológii a v lekárskych aplikáciách.
Skenovací elektrónový mikroskop (SEM)
Skenovací elektrónový mikroskop alebo SEM používa na tvorbu obrazu skôr elektróny ako svetlo. Vzorky sa skenujú vo vákuu alebo v podmienkach vákua, preto ich najskôr treba špeciálne pripraviť podrobený dehydratácii a potom potiahnutý tenkou vrstvou vodivého materiálu, ako je zlato. Keď je položka pripravená a umiestnená do komory, vytvorí SEM trojrozmerný čiernobiely obraz na obrazovke počítača. SEM, ktoré poskytujú dostatočnú kontrolu nad veľkosťou zväčšenia, používajú vedci z oblasti fyzikálnych, lekárskych a biologických vied na preskúmanie rôznych vzoriek od hmyzu po kosti.
Transmisný elektrónový mikroskop (TEM)
Rovnako ako rastrovací elektrónový mikroskop, aj transmisný elektrónový mikroskop (TEM) využíva elektróny na vytváranie zväčšeného obrazu. Vzorky sa skenujú vo vákuu, takže musia byť špeciálne pripravené. Na rozdiel od SEM však TEM využíva prípravu snímok na získanie 2-D pohľadu na vzorky, takže je vhodnejší na prezeranie objektov s určitou mierou priehľadnosti. TEM ponúka vysoký stupeň zväčšenia aj rozlíšenia, čo je užitočné vo fyzikálnych a biologických vedách, metalurgii, nanotechnológiách a forenzných analýzach.