Nachádza sa čiastočne v severných Andách s pobrežím Tichého oceánu a Karibského mora. Vďaka jedinečnej geografickej polohe Kolumbie sa na jej hraniciach nachádza päť veľmi charakteristických ekosystémov: alpská tundra alebo paramo; dažďový les; vysokohorské oblačné lesy; pobrežné oblasti; a roviny - alebo los llanos. Pretože Kolumbia je tak blízko k rovníku, neprechádza významnými sezónnymi výkyvmi.
Paramos
Paramos sú vysokohorské tropické ekosystémy, ktoré vedecká komunita ešte len začína chápať. Výskum ukázal, že tieto jedinečné ekosystémy generujú nové druhy rýchlejšie ako ktorýkoľvek iný ekosystém na Zemi. V kolumbijských paramosoch žije 68 druhov frailejones, kvitnúcich rastlín, ktoré zachytávajú vodu z prechádzajúcich hmiel. Spolu s lišajníkmi a machmi v ekosystéme filtrujú a regulujú frailejones vodu, ktorá nakoniec prechádza do nižších poloh Kolumbie. Kolumbijskí paramosovia sú domovom asi 5 000 ďalších jedinečných druhov rastlín.
Oblačné lesy
Tesne pod nadmorskými výškami paramosov sú kolumbijské oblačné lesy. Tieto lesy sú súčasťou národného parku Las Orquídeas v krajine, ktorý je pomenovaný podľa viac ako 200 druhov orchideí, ktoré sa tam nachádzajú. V oblačných lesoch sa nachádza aj mnoho ďalších druhov pochádzajúcich z Kolumbie, napríklad jaguár, puma, opice, jelene, vtáky, netopiere a hmyz. V oblačných lesoch sa nachádza aj ohrozený medveď okuliarnatý. Vedci sa domnievajú, že zmena podnebia môže mať vplyv na konzumáciu obľúbených rastlín medveďa - čo ich prinúti hľadať potraviny stále ďalej a ďalej a prípadne ich konkurujú iným druhom.
Amazónsky dažďový prales
Približne tretinu Kolumbie pokrýva Amazonka; rovnako ako zvyšok najväčšieho dažďového pralesa na svete, aj táto oblasť je domovom mnohých jedinečných druhov. V roku 2013 vedci odhalili objav dvoch nových druhov v kolumbijskej Amazonke: Cercosaura hypnoides a Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides je malá čierna jašterica, o ktorej sa predpokladá, že je ohrozená, a Callicebus caquetensis je jedným z asi 20 druhov opíc titi žijúcich v Amazónii. Keď sú tieto opice bábätká, prejavujú spokojnosť a náklonnosť mrnčaním, ako sú mačiatka.
Pobrežné oblasti
Pobrežné oblasti Kolumbie, ktoré ležia na hranici vodných a suchozemských ekosystémov, sú domovom predovšetkým mangrovových lesov. Vďaka veľkému množstvu rozkladajúcich sa organických látok sú tieto pobrežné ekosystémy domovom veľkého množstva rýb. Mangrovové lesy obsahujú početné druhy mangrovov a narastajúcu populáciu morských lastúrnikov a mäkkýšov; miestne komunity často zberajú lastúrniky známe ako piangua hembra. V týchto mangrovových lesoch obývajú množstvo cicavcov, vrátane tigrích mačiek, nutrií a divých ošípaných známych ako „tatabro“.
Los Llanos (rovina)
Trávnaté porasty alebo Los Llanos ležia predovšetkým okolo povodia rieky Orinoco, ktoré sa nachádza medzi Kolumbiou a Venezuelou. Samotná rieka je domovom domorodého a ohrozeného krokodíla Orinoka, o ktorom je známe, že dosahuje dĺžku 23 stôp. Korytnačka Orinoco, vydra obrovská, pásavec obrovský a orol čierno-gaštanový sú ďalšími ohrozenými druhmi Los Llanos. Roviny sú tiež hostiteľom mnohých sťahovavých vtákov, ako sú žlté nohy a niekoľko druhov pieskomilov.
