Bacteriile heterotrofe neutrofile și acidofile alcătuiesc majoritatea speciilor de bacterii. Termenii „neutrofil” și „acidofil” se referă la nivelul optim de pH al speciilor bacteriene - o măsură a acidității sau a basicității unei substanțe. De exemplu, oțetul măsoară la fel de acid, iar bicarbonatul de sodiu ca bază. Scara pH-ului variază de la 0 la 14, cu 7, pH-ul apei pure, chiar în mijloc.
Heterotrofi neutrofili
Majoritatea bacteriilor, neutrofilele, trăiesc în sol sau în apă și cresc cel mai bine la un pH neutru între 6 și 8. Dacă pH-ul variază prea mult în afara acestui interval, bacteriile neutrofile nu pot supraviețui. Majoritatea bacteriilor care cauzează boli la om sunt, de asemenea, heterotrofe neutrofile, potrivite pentru a supraviețui în interiorul corpului uman.
Heterotrofi acidofili
Bacteriile acidofile cresc mai bine la niveluri mai mici de pH, de obicei sub un pH de 6, deoarece au mecanisme biologice care le permit să-și mențină pH-ul intern aproape neutru. Drenajul acid al minelor - scurgerea foarte acidă contaminată din zonele miniere - conține o populație mare de acidofili care oxidează sulfura din minereurile metalice. Potrivit Centrului de Resurse pentru Educația Științifică de la Colegiul Carleton, Ferroplasma acidofilă găsită în drenajul acid al minelor a prezentat niveluri de pH de până la zero.
Heterotrofe obligatoriu acidofile
Acidofilii obligați necesită un pH scăzut, sub 4 sau 5, pentru a supraviețui. Membrana celulară a acidofililor obligați se dizolvă de fapt la niveluri neutre de pH, provocând moartea celulelor. Mulți acidofili obligați sunt, de asemenea, termofili - organisme care cresc cel mai bine la temperaturi ridicate - și se găsesc frecvent în solurile vulcanice. Thiobacillus ferrooxidans este probabil cea mai des studiată bacterie acidofilă oxidantă a fierului.