O ecossistema de Florida Keys consiste em diversos habitats, incluindo manguezais, recifes de coral e pinheiros, que são ricos em espécies únicas. Os humanos também fazem parte do ecossistema e suas atividades afetam todos os habitats e os animais e plantas que os habitam. O ecossistema das Chaves é composto por uma pequena área de terra, portanto, os impactos das atividades humanas são ampliados. Os impactos incluem poluição da água, aumento de espécies invasoras, pesca excessiva, efeitos negativos da navegação náutica e do desenvolvimento urbano e mudança climática global.
A população humana da área conhecida como Sudeste da Flórida ou Florida Keys cresceu em mais de 3,9 milhões de 1970 a 2008. Os laranjais deram lugar a conjuntos habitacionais, shoppings, indústrias e rodovias. Essas mudanças causaram a destruição de habitats naturais. Além disso, a poluição da água aumentou, causada por tratamento de esgoto e transbordamento séptico e escoamento de águas pluviais que contém óleo, pesticidas e metais pesados.
Em 2010, houve 3,8 milhões de visitantes nas Chaves. Muitos desses visitantes realizam atividades como a pesca. Além de turistas e residentes se engajarem nessas atividades recreativas, a pesca comercial é uma grande indústria na área. A pesca excessiva esgotou as espécies no ecossistema de Keys, deixando peixes menores e mudando as interações da complexa teia alimentar.
A prática de passeios de barco na área resultou não apenas em ferimentos diretos aos peixes-boi causados por hélices, mas as hélices também causaram cicatrizes em grandes áreas de ervas marinhas. Os barcos encalham e danificam os recifes de coral à medida que as âncoras raspam nessas formações delicadas. Mais de 500 aterramentos ocorrem a cada ano nas Chaves. Isso destrói o habitat e afeta negativamente toda a cadeia alimentar, levando a uma maior perda de espécies.
Conforme os humanos se movem, eles trazem consigo espécies de outras áreas que podem ser liberadas no ecossistema. Essas espécies podem fixar residência e, como não têm predadores, tornam-se espécies nativas muito bem-sucedidas, superando as espécies nativas e mudando a dinâmica de todo o ecossistema. Animais e plantas invasores em Florida Keys incluem o peixe-leão e a grama da Guiné. Além de todos esses impactos locais diretos e indiretos, prevê-se que os efeitos do aquecimento global aquecerão as águas em a área em 4 a 10 graus Fahrenheit e elevar o nível do mar, possivelmente causando mudanças muito rápidas para o ecossistema reparar.