A troca iônica é amplamente usada para tratamento de água em sistemas de tratamento de água industriais e municipais. O processo oferece muitas vantagens sobre outros métodos de tratamento. É favorável ao meio ambiente, pode fornecer alta vazão de água tratada e tem baixo custo de manutenção. Junto com esses benefícios, existem certas desvantagens associadas à troca iônica, como incrustação de sulfato de cálcio, ferro incrustação, adsorção de matéria orgânica, contaminação orgânica da resina, contaminação bacteriana e cloro contaminação.
O regenerante mais comum (produto químico usado para recarregar a resina) usado para a resina catiônica é o ácido sulfúrico. Algumas águas extremamente duras contêm grandes quantidades de cálcio e, quando este cálcio reage com o ácido sulfúrico em regeneração, forma sulfato de cálcio como um precipitado durante o processo de regeneração. Este precipitado pode sujar os grânulos de resina e bloquear os tubos do vaso.
A água de alimentação dos furos subterrâneos contém ferro solúvel na forma de íons ferrosos. Pequenas quantidades desse ferro são removidas pelos amaciantes de troca iônica, mas se essa água de alimentação entrar em contato com o ar antes do tratamento, os íons ferrosos são convertidos em íons férricos. Esses íons férricos precipitam como hidróxido férrico após reagir com água. Este composto pode obstruir os grânulos de resina e afetar a eficiência da resina. Isso pode até resultar em falha da coluna de amaciante.
A água de alimentação de lagos e rios geralmente contém grandes quantidades de matéria orgânica dissolvida. A cor amarela ou marrom dessa água de alimentação deve-se à vegetação em decomposição e outras matérias orgânicas presentes nela. Essas substâncias orgânicas podem ser adsorvidas permanentemente dentro dos grânulos de resina, resultando em eficiência reduzida da resina. A qualidade da água tratada é degradada. Esses contaminantes orgânicos podem ser removidos antes do tratamento com resina, tratando a água de alimentação com alúmen para precipitar a matéria orgânica.
A própria resina de troca iônica às vezes pode se tornar a fonte de contaminação orgânica. A nova resina de troca iônica geralmente possui elementos orgânicos remanescentes nos grânulos de resina após a fabricação. Tal contaminação da resina pode ser tratada passando a água tratada por uma estação de tratamento de ultrafiltração.
As resinas de troca iônica não removem microrganismos como bactérias da água de alimentação, mas às vezes ajudam no crescimento bacteriano. Os leitos de resina podem acumular matéria orgânica que serve como fonte de nutrientes para o crescimento contínuo de bactérias. Quando a água estéril é necessária após o tratamento, a água desmineralizada produzida pela estação de tratamento de troca iônica deve ser tratada por calor, irradiação ultravioleta ou filtração muito fina. Camadas de resinas de troca iônica também podem ser tratadas com desinfetantes como formaldeído, mas não com calor ou cloro, pois eles danificam a resina.