Ao contrário dos lagos e lagoas, os rios são sistemas abertos, onde ocorrem frequentes trocas de água. Apesar disso, os organismos que dependem dos rios requerem algum equilíbrio. Vários indicadores fornecem uma medida da qualidade de um rio. Essas medições incluem oxigênio dissolvido, temperatura e pH, que é uma medida da concentração de íons de hidrogênio.
A escala para medir o pH vai de 0 a 14, com 7 ou menos representando um ambiente ácido, e uma leitura acima de 7 indica um ambiente alcalino.
Um estudo publicado na revista Nature vinculou diretamente a acidez dos rios e lagos noruegueses à chuva ácida, que dizimou as populações locais de salmão e truta.
Os baixos níveis de pH causam a morte de peixes, estressando os sistemas dos animais e causando danos físicos, o que por sua vez os torna mais vulneráveis a doenças.
Outros fatores externos que podem causar flutuações no pH do rio incluem escoamento agrícola, mina ácida drenagem (AWD) e emissões de combustíveis fósseis, como dióxido de carbono, que cria um ácido fraco quando dissolvido no rio agua.
Testar os níveis de pH indica a acidez ou alcalinidade de uma amostra. Os rios têm alguma capacidade de prevenir mudanças no pH pela estrutura e composição do leito do rio. No entanto, mudanças drásticas no pH podem ter efeitos prejudiciais na saúde do rio.