O Camboja tem a terceira maior taxa de desmatamento do mundo, motivado pela extração de madeira e também pelo corte raso para a agricultura. O desmatamento destrói habitats e perturba o equilíbrio de delicados solos tropicais. Sem árvores segurando o solo e reabastecendo a matéria orgânica com serapilheira, o solo sofre erosão rapidamente e perde muito de sua fertilidade nos primeiros anos de cultivo.
Os ecossistemas costeiros do Camboja, muitos dos quais são florestas de mangue que fornecem importantes áreas de desova para peixes e proteção contra enchentes, são ameaçados por vários fatores. Ecossistemas costeiros estão sendo sufocados por sedimentos removidos de áreas recentemente desmatadas no interior. Essas águas também carregam pesticidas e fertilizantes perigosos. Fazendas de camarão mal regulamentadas fazem com que os manguezais sejam eliminados e liberem o excesso de nutrientes na água, resultando no crescimento excessivo de algas e na interrupção do ecossistema.
À medida que o Camboja se industrializa, as pessoas migram para as áreas urbanas, que estão crescendo rápido demais para que a infraestrutura de saneamento acompanhe. Muitas áreas não têm sistemas de esgoto ou, na melhor das hipóteses, são disfuncionais. O esgoto e os efluentes industriais estão contaminando as águas subterrâneas e superficiais em muitas áreas urbanas. Resíduos sólidos perigosos muitas vezes encontram seu caminho para aterros sanitários, onde podem vazar para as águas subterrâneas ou ser soprados pelo vento.