Når du har kjørt DNA-prøver på en agarosegel og tatt et bilde, kan du lagre bildet for senere, på hvilket tidspunkt du kan analysere resultatene og tolke dem. Hvilke ting du leter etter, vil avhenge av eksperimentets art. Hvis du for eksempel gjør DNA-fingeravtrykk, vil du sammenligne størrelsen på biter av DNA fra to prøver - fra den mistenkte og fra en åstedsprøve, kanskje. Hvis du jobber med plasmider fra bakterier, derimot, må du kanskje sørge for at plasmidet inneholder innsatsen. Følgelig vil hvordan du tolker gelen din delvis avhenge av eksperimentet du gjorde. Likevel er det noen generelle regler du kan bruke.
Merk at du kanskje ikke trenger å bruke instruksjonene i denne delen. Agarosegelelektroforese brukes ofte for å bekrefte at et plasmid inneholder et gitt innlegg. Hvis du ikke jobber med plasmider, kan du hoppe over denne delen. Hvis du er det, kan du imidlertid følge disse instruksjonene.
Legg merke til at hvis du jobber med uklippte eller nicked plasmider, kan du ikke estimere størrelsen ved å bruke fremgangsmåten fra avsnitt 1 ovenfor. Det er fordi uklippte og nicked plasmider migrerer med forskjellige hastigheter fra lineært DNA.
Sammenlign antall bånd i hver bane. Husk at et restriksjonsenzym kutter DNA på steder der en gitt sekvens kalt restriksjonsstedet forekommer. Hvis en prøve ble behandlet med TO restriksjonsenzymer, bør et bånd for innsatsen og et bånd for resten av plasmidet være tilstede. Det er fordi innsatsen vil bli flankert av to restriksjonsseter, hver for et annet enzym, så kutt på begge disse stedene vil frigjøre innsatsen fra plasmidet. Et kutt på bare ett sted vil derimot konvertere plasmidet til lineært DNA. En prøve som er kuttet uten restriksjonsenzymer eller ett restriksjonsenzym, skal derfor inneholde et enkelt bånd, mens et prøvesnitt med to restriksjonsenzymer skal ha to bånd.
Se etter band opprettet av nicked plasmid DNA. Et nicked plasmid har bare et kutt i en enkelt streng, så det vandrer saktere enn et kuttet plasmid. Kutte plasmider vandrer saktere enn uskåret DNA.
Beregn størrelsen på innsatsen ved hjelp av fremgangsmåten beskrevet i del 1 og avgjør om den samsvarer med forventningene dine (som vil variere avhengig av eksperimentet.)
Ting du trenger
- Blyant
- Papir
- Regnearkprogram
- Bilde av gelen din
- Hersker