Ved gelelektroforese skilles prøver av DNA eller proteiner - vanligvis basert på størrelse - ved å påføre et elektrisk felt som får dem til å migrere gjennom en gel. Bruk av gelelektroforese er rutinemessig i biomedisinske forskningslaboratorier og brukes til å svare på en rekke forskjellige spørsmål, så det er egentlig ikke en universell måte å analysere resultatene på.
Forskjellige teknikker som Western blotting, Northern blotting og Southern blotting, for eksempel, involverer alle gelelektroforese.
Hvis du gjør det agarosegel elektroforese av DNA-prøver, den vanligste typen prosedyre, trenger du vanligvis å gjøre minst to ting: 1) skille uskåret plasmider fra innsatser, nicked plasmider og kutte plasmider og, 2) estimere størrelsen på de forskjellige DNA-fragmentene med en standardkurve Excel eller kalkulator.
Sjekk lab-notatboken for å finne ut hvilke prøver som er lastet inn i hvilke baner. Når du lastet brønnene til gelen din, burde du ha notert identiteten til hver bane / prøve.
Bruk en linjal til å måle avstanden på bildet ditt fra brønnene til sporingsfargestoffet, som vil har reist lenger enn noen av DNA-båndene (med andre ord, det vil være på bunnen av gel). Registrer dette nummeret - enhetene du bruker er ikke viktige.
Mål avstanden på bildet ditt fra brønnene til hvert av båndene i "stigen", og del deretter avstanden med avstanden du har reist sporingsfargestoff bånd. Denne beregningen gir deg den relative mobiliteten til hvert bånd.
Eksempel: Anta at sporingsfargestoffbåndet reiste 6 tommer, og vi har tre bånd som reiste 5, 4,5 og 3,5 tommer.
Hva er deres relative mobilitet? Svar: Vi deler 5, 4.5 og 3.5 med 6 for å oppnå relative mobiliteter på 0,833, 0,75 og 0,5833.
Produsenten gir deg størrelsen på hvert fragment i stiger de leverer, så du bør allerede ha denne informasjonen.
Bruk Trendline-funksjonen i regnearkprogrammet for å tilpasse en ligning til dataene. Denne ligningen skal være en kraftligning (f.eks. X ^ -2) og skal passe dataene relativt bra (R-koeffisienten på minst 0,9). Dette skaper en kurve og en standardkurve utmerke.
Husk at mindre DNA-fragmenter beveger seg lenger gjennom gelen enn store DNA-fragmenter, så de som er nærmest sporingsfargestoffet vil være det minste. Vær imidlertid oppmerksom på at hvis plasmid (sirkulært) DNA er uklipt, det vil bli "supercoiled" eller vridd som en telefonkabel, som faktisk får det til å reise lenger enn lineært DNA av samme størrelse.
Likeledes vil et "nicked" plasmid som er blitt fullstendig kuttet, reise et kortere avstand enn lineært DNA av samme størrelse. Derfor kan du ikke estimere størrelsen på uklippte plasmider fra gelen din.
Match båndene i hver bane med identiteten til prøven du lastet i banen, og avgjør om det du ser er det du hadde forventet. Dette vil avhenge av arten av eksperimentet ditt.
Generelt sett, hvis du fordøyde et insert plasmid med to restriksjonsenzymer, ville du imidlertid forvente at insertet ville bli frigjort fra plasmidet.
Siden det er mye mindre enn plasmidet, forventer du å se to bånd i den banen, en nær toppen og den andre ned nær bunnen. Et plasmidkutt med bare ett restriksjonsenzym skal bare danne et enkelt bånd som beveger seg litt lenger enn plasmidkuttet med to restriksjonsenzymer, men ikke i nærheten av så langt som innsatsen.
Mål avstanden fra brønnene til det kutte plasmidet, og sett inn bånd med linjalen. Del disse tallene med avstanden som ble sporet av fargestoffet for å finne relativ mobilitet av innsatser og kutte plasmider.
