Bakterier er små, encellede organismer som både er gunstige og skadelige for mennesker. Noen former for bakterier hjelper oss å leve, for eksempel de som hjelper til med å bryte ned maten i tarmene. Andre former, for eksempel bakteriene som forårsaker Bubonic Plague, kan drepe en person hvis den blir ubehandlet. Det er mange forskjellige typer bakterier, og de responderer ved hjelp av forskjellige metoder. De to primære metodene for bakteriell respirasjon er aerob respirasjon og anaerob respirasjon.
Aerobisk respirerende former for bakterier krever oksygen for å leve. De bruker oksygen som drivstoff for å forbrenne energi og gi dem den energien som trengs for livet. Denne typen bakteriell respirasjon er av samme type som mennesker bruker, derav begrepet "aerob trening." Det viktigste biproduktet av aerob respirasjon fra bakterier er karbondioksid.
Mange typer bakterier responderer anaerobt. Med andre ord, de kan gå gjennom respirasjonsprosessen uten oksygen. I stedet for å bruke oksygen for å hjelpe dem med å forbrenne energien i maten deres, bruker disse typer bakterier andre naturlig forekommende kjemikalier for å skape kjemiske reaksjoner og frigjøre energien de trenger. Vanlige kjemikalier som brukes naturlig, inkluderer nitrater, sulfater og karbondioksid. Anaerob respirasjon i bakterier skaper vanligvis mange biprodukter. Mange av disse biproduktene kan være giftige eller farlige for mennesker og inkluderer etanol og hydrogen.