Gelelektroforese er en av de viktigste metodene som brukes i molekylærbiologi for analyse av DNA. Denne metoden innebærer migrering av fragmenter av DNA gjennom en gel, hvor de skilles fra hverandre på grunnlag av størrelse eller form. Selv en vitenskapelig forsvarlig metode som gelelektroforese er imidlertid ikke immun mot feil.
Hvordan elektroforese fungerer
•••Jezperklauzen / iStock / Getty Images
Gelelektroforese innebærer bruk av en gel som vanligvis er laget av polymerer som agarose. Gelen er nedsenket i en bufferløsning som leder et elektrisk felt. DNA-prøven av interesse fragmenteres først ved bruk av restriksjonsenzymer og injiseres deretter i gelen. Når det elektriske feltet er slått på, migrerer DNA-fragmentene i gelen mot den positive elektroden. Hvis DNA-fragmentene har forskjellige størrelser, vil migrasjonstidene være forskjellige for hvert størrelsesfragment. Fragmentene visualiseres deretter ved bruk av et fargestoff eller autoradiografi og er synlige som bånd i gelen.
Forurensning av prøven
•••aiaikawa / iStock / Getty Images
Den største anvendelsen av elektroforese er som et verktøy for analyse av DNA i molekylærbiologi, men det brukes også i rettsmedisin som et middel til å identifisere prøver fra åsted. Det er viktig at feilkilder i denne teknikken minimeres for å få nøyaktige resultater. En feilkilde er forurensning av DNA-prøven. Hvis det er fremmed DNA i prøven, vil gelen ha flere bånd enn det som finnes i en gel som bare inneholder den rensede prøven.
Problemer med gel, strøm og buffer
•••IndiaImages / iStock / Getty Images
Konsentrasjonen av gelen må også være riktig for å unngå feil. Hvis konsentrasjonen er for høy eller for lav, vil fragmentene migrere enten for sakte eller for raskt. Dette vil føre til feil i løsningen av de forskjellige båndene. Under elektroforesekjøringen må du sørge for at spenningen er jevn. Eventuelle svingninger i spenningen vil føre til ustabil migrasjon av DNA-fragmenter, noe som fører til feil i lesing av båndene. Bufferløsningen må også ha riktig sammensetning, da en buffer med feil pH eller ionisk konsentrasjon vil endre DNA-fragmentenes form, og også endre migrasjonstidene.
Riktig visualisering
•••Ingram Publishing / Ingram Publishing / Getty Images
Viktigst, gelen må visualiseres riktig. Hvis konsentrasjonen av fargestoffet eller den radioaktive sonden som brukes til å visualisere prøvene er for høy, vil det resulterende bildet være veldig rotete, da gjenværende fragmenter også blir visualisert. Hvis gelkonsentrasjonen er for lav, blir det ingen visualisering. Når de riktige prosessene har blitt fulgt i alle trinn, vil gelelektroforese gi resultater som er nøyaktige og kan brukes med stor tillit. Som med alle vitenskapelige prosedyrer, kan gelelektroforese være utsatt for feil, men disse kan minimeres med riktig forberedelse og håndtering.