Florida Keys økosystem består av forskjellige habitater, inkludert mangrover, korallrev og pinelands, som er rike på unike arter. Mennesker er også en del av økosystemet, og deres aktiviteter påvirker alle habitater og dyrene og plantene som bor i dem. Keys-økosystemet består av et lite landområde, derfor blir virkningene av menneskelige aktiviteter forstørret. Konsekvensene inkluderer vannforurensning, økte invasive arter, overfiske, negative effekter fra båtliv og byutvikling, og globale klimaendringer.
Menneskets befolkning i området kjent som Sørøst-Florida eller Florida Keys har vokst med over 3,9 millioner fra 1970 til 2008. Appelsinlunder har viket for boligutbygginger, stripesentre, industri og motorveier. Disse endringene har ført til ødeleggelse av naturlige habitater. I tillegg har vannforurensning økt, forårsaket av kloakkrensing og septisk overløp og stormvannavrenning som inneholder olje, plantevernmidler og tungmetaller ..
I 2010 var det 3,8 millioner besøkende til nøklene. Mange av disse besøkende deltok i aktiviteter som fiske. I tillegg til turister og innbyggere som driver med disse fritidsaktivitetene, er kommersielt fiske en stor industri i området. Overfiske har utarmet arter i Keys økosystem, etterlatt mindre fisk og endret samspillet mellom det komplekse næringsnettet.
Båtliv i området har ikke bare ført til direkte skader på manater forårsaket av propeller, men propeller har også arrret store områder av sjøgress. Båter går på grunn og skader korallrev når anker skraper over disse delikate formasjonene. Mer enn 500 jording foregår hvert år i nøklene. Dette ødelegger habitat og påvirker negativt hele næringskjeden, noe som fører til ytterligere tap av arter.
Når mennesker beveger seg, tar de med seg arter fra andre områder som kan slippe ut i økosystemet. Disse artene kan ta bolig, og fordi de ikke har rovdyr, blir de veldig vellykkede, utkonkurrerende innfødte arter og endrer dynamikken i hele økosystemet. Invasive dyr og planter i Florida Keys inkluderer løvefisk og guineagress. I tillegg til alle disse lokale direkte og indirekte påvirkningene, forventes effekten av global oppvarming å varme vannet i området med 4 til 10 grader Fahrenheit og heve havnivået, muligens forårsake endringer som er for raske til at økosystemet reparere.