De tre elementene som utgjør over 99 prosent av organiske molekyler er karbon, hydrogen og oksygen. Disse tre kombineres for å danne nesten alle kjemiske strukturer som trengs for livet, inkludert karbohydrater, lipider og proteiner. I tillegg danner nitrogen, når det er paret med disse elementene, også et viktig organisk molekyl i form av nukleinsyrer.
Karbon
Karbon er det viktigste elementene i dannelsen av organiske molekyler; faktisk, livet på jorden har blitt referert til som "karbonbasert" på grunn av utbredelsen av karbon ved dannelse av essensielle forbindelser for organismer. Karbon er så utbredt i organiske forbindelser på grunn av dets evne til å danne opptil seks stabile bindinger med andre atomer; som et resultat er karbon ofte midt i et molekyl med flere forskjellige atomer, og det er dette mangfoldet som lar livet blomstre. Karbon utgjør omtrent 10 prosent av menneskekroppen.
Hydrogen
Hydrogen er det vanligste atomet i universet, og er også det vanligste elementet i organiske molekyler. På grunn av sin unike elektron-natur, forekommer hydrogenatomer i store mengder i flere organiske molekyler, og fungerer ofte som et koblingspunkt mellom det sentrale karbonatomet og andre atomer. I tillegg danner hydrogen en sterk binding med karbon, noe som gir mer stabilitet til et organisk molekyl enn et gjennomsnittlig molekyl. Oksygen utgjør omtrent 63 prosent av menneskekroppen.
Oksygen
Oksygen er avgjørende element i organiske molekyler fordi det, i likhet med karbon, kan ha flere forskjellige bindinger (men ikke med samme styrke på karbon, så det er normalt ikke midt i et organisk molekyl), og viktigere, det tilfører nok variasjon til å danne en nær uendelig mengde molekyler. Karbon, hydrogen og oksygen kombineres for å danne proteiner, karbohydrater (som er en kombinasjon av karbon med vann) og lipider, alle forbindelser som er essensielle for livet. Oksygen utgjør omtrent 26 prosent av menneskekroppen.
Nitrogen
Selv om det ikke er så utbredt som karbon, hydrogen og oksygen, viser nitrogen seg i en ekstremt viktig type organisk molekyl som kalles en nukleinsyre. De to typene nukleinsyrer som finnes i celler er DNA og RNA, som utgjør den genetiske tegningen av cellen og inneholder all den kodifiserte informasjonen som trengs for at cellen skal fungere og reprodusere. Nitrogen utgjør omtrent 1 prosent av menneskekroppen.