Forholdet mellom forskjellige dyr etableres gjennom taksonomi. Taksonomi er klassifiseringen av levende ting. Disse klassifiseringene er fordelt på følgende måte fra den største grupperingen til en individuell dyreart: Rike, fylum, underfolie, klasse, orden, familie, slekt, art. Dyr som er i samme art er veldig nært beslektede, og dyr i samme rike er veldig fjernt beslektet. For eksempel er alle dyr en del av ett rike, Animalia, og alle planter er i riket Plantea.
Alle edderkopper og krabber er i phylum Arthopodia, som alle insekter. Leddyr skiller seg fysisk ut ved at de alle har segmenterte, leddede ben og har et eksoskelett. Mens både krabber og edderkopper er gruppert i samme fylum, betyr ikke dette at de nødvendigvis er nært beslektede. For eksempel er alle dyr med ryggrad i fyloen Cordata. Men det er klart at selv om fisk og aper begge har rygg, er de veldig forskjellige.
Inndelingen mellom edderkopper og de fleste krabber skjer på underfyllnivå. Edderkopper er i subphylum Cheilcerata, mens de fleste krabber er i subphylum Mandibulata. Forskjellen er i stor grad at krabber har en mandibel, en type kjeve, og edderkopper har chelicerae, som er munndeler som vises foran munnen. Edderkoppers "fangs" er chelicerae.
Hesteskokrabber er i samme underfyll som edderkopper, Cheilcerata. Dette gjør hesteskokrabber nærere knyttet til edderkopper enn de er til og med andre krabber. I likhet med edderkopper har ikke hesteskokrabber mandibel og har i stedet chelicerae foran munndelene. Edderkopper og hesteskokrabber er delt på klassenivå. Edderkopper er i klassen Arachnida, mens hesteskokrabber er i klassen Merostomata.
En annen gal skapning pleide å eksistere og er også klassifisert i underfilen Cheilcerata. Disse kalles "sjøskorpioner." De døde ut for rundt 250 millioner år siden. Disse "skorpionene" hadde en større svir på baksiden av halen og vokste til større enn 6 fot i lengde. Dette gjør dem muligens til den største leddyren som noen gang har levd. Deres inkludering i underfyllet Cheilcerata gjør at disse eldgamle skorpionene også er nærere knyttet til edderkopper enn krabber.