Ferskvanns- og marine miljøer markerer et primært brudd i akvatiske økosystemer; marine miljøer inneholder høyt saltinnhold (saltkonsentrasjon), mens ferskvannsområder vanligvis inneholder mindre enn 1 prosent. Ferskvannsøkosystemer inkluderer dammer og innsjøer samt elver og bekker. Marine økosystemer inkluderer hav og korallrev.
Dammer og innsjøer
Dammer og innsjøer er relativt stille vannmasser med liten eller ingen strøm, vanligvis isolert fra andre vannmasser som elver og hav. De er delt inn i tre forskjellige soner: littoral, limnetisk og dyp. Kystsonen utgjør det som er nærmest kysten. Med høy eksponering for sollys og grunt vann er dette vanligvis det mest biologisk mangfoldige området i en gitt innsjø eller dam, som inneholder flere arter av amfibier, vannfugler, krepsdyr, insekter, fisk og alger, så vel som både flytende og rotfestet planter. Den limnetiske sonen omfatter området av en innsjø / dam som er lenger fra kysten, men likevel nærmest vannoverflaten. Dette området er mindre variert enn kystsonen, men mer enn den store sonen på grunn av det høye nivået av eksponering for solen. Den dype sonen består av det dypeste området av en dam eller innsjø. Dypt liv er nesten utelukkende dominert av nedbrytende bakterier og plankton.
Elver og bekker
Elver og bekker flytter vannmasser som strømmer fra en kilde, for eksempel en kilde eller smelting breen, til en munning, som kan være ved et hav, en større bekk eller elv eller en annen type reservoar. Når vannet beveger seg fra kilde til munn, endres miljøet i økosystemet drastisk. Kilden til en strøm eller elv har det høyeste nivået av renhet og oksygeninnhold. Gjennom sin vei samler det farende vannet rusk i sin strøm; når vannet når munnen, blir vannet grumsete. Som et resultat trenger lite sollys inn i overflaten, og plantelivet er lite. Fiskearter som steinbit trives i disse områdene, i stand til å overleve under forhold med lite oksygen.
Hav
Hav er noen av de mest varierte og geografisk ekspansive økosystemene på jorden. Havøkosystemer er delt inn i fire soner: tidevann, pelagisk, bentisk og avgrunnen. Tidevanns sonen består av regionene der havvann møter land. Denne sonen er veldig dynamisk på grunn av konstant tidevannsvirkning. Som hovedregel er artsmangfoldet høyere i tidevannssoner som oftest er nedsenket av vann. I likhet med den limnetiske sonen i innsjøer, består den pelagiske sonen av det åpne havet vekk fra kysten, men likevel nærmere vannoverflaten. En rekke fisk, vannplanter og større pattedyr bor i denne regionen. Benthiske og avgrunnssoner utgjør henholdsvis havets nest dypeste og dypeste regioner. På grunn av ekstremt trykk, mørke og kalde temperaturer, har disse sonene svært forskjellige livsformer. For å overleve en fullstendig mangel på sollys høster planter og bakterier i avgrunnssonen kjemisk energi fra termiske ventilasjoner under havbunnen.
Korallrev
Korallrev økosystemer ligger i havet; men på grunn av deres fysiske og biologiske sammensetning skiller de seg veldig fra andre marine økosystemer. Korallrev dannes på grunt vann med varme temperaturer. Mange av disse økosystemene har dannet seg langs bredden av kontinentene. Selv om det kan virke som en enorm stein, består et korallrev faktisk av levende dyrekolonier som fester seg i et hardt kalsiumkarbonatskall. Disse koloniene har et symbiotisk forhold til zooxanthellae, en type alger som både lever i og gir mat til korallene. Selv om de omfatter relativt lite område, er korallrev noen av de mest biologisk forskjellige økosystemene på jorden. Et enormt utvalg av svamper, krepsdyr, sjøanemoner, fisk, alger, vannplanter og insekter lever utelukkende i korallrev økosystemer.
