Som de fleste biomer på jorden, overlever savanneøkosystemet på en delikat balanse mellom miljøfaktorer og forskjellige arter, inkludert mennesker. Alvorlig tørke kan frarøve disse gresslettene deres livgivende vann og løvverk, mens krypskyttere og urfolk truer ofte med å forstyrre matnettet gjennom drap på dyr for sport eller overlevelse.
Menneskelige aktiviteter
Menneskelige aktiviteter kan alvorlig true med å forstyrre savannens økosystemer. Uholdbar vannbruk og vanningsmetoder kan potensielt tørke opp livgivende elver og vannhull. I regioner hvor urfolk regelmessig inkluderer bushmeat - vilt kjøtt - i kostholdet, har hovdyrpopulasjonene falt med merkbare priser. Noen savannelivet blir også jaktet som trofeer; Spesielt sorte neshorn blir jaktet på grunn av deres verdifulle horn. Selv noen plantearter blir høstet på grunn av sin kommersielle verdi. Ristninger laget av afrikansk svartved, et savannetre, selges ofte på turistmarkedene.
Tørke og tung beiting
Langvarig, alvorlig tørke har en farlig effekt på et savann økosystem, med beitemønster som forverrer denne effekten. Kombinasjonen av alvorlig tørke og beite kan endre et gressletter med hovedsakelig spiselige, flerårige gress til en savanne dominert av uspiselige gress og planter. Lettbeite gressletter opprettholder kvaliteten på smakfulle, flerårige gressarter, men sammensetningen av plantearter kan fortsatt endres. Eksperter har bedt om løsninger for beitehåndtering under tørkeepisoder for å påvirke retningen for potensiell endring mot bærekraft på gressletter.
Ørkendannelse
Tropiske savanner grenser ofte til tørre, ørkenområder, og spredning av ørkenlignende forhold i tørre gressletterområder kalles ørkendannelse. Denne trusselen mot et savannøkosystem inkluderer effekter forårsaket av klimaendringer, oppdrettspraksis, overbeite, aggressiv jordbruks vanning, som senker nivået på vannspeilet bort fra planterøtter, avskoging og erosjon. Hvert år blir over 46.000 kvadratkilometer afrikansk savanne ørken. Planting av tørkebestandige planter kan stabilisere skiftende sanddyner og begynne spredning av ytterligere vegetasjon.
Karbonutslipp
En undersøkelse fra 2012 tilskrev "CO2-gjødslingseffekten" store økninger i treaktig plantemasse. Forfatterne antydet at økningen i frekvensen av treaktig plantevekst var forårsaket av økende atmosfærisk karbon dioksid. En dramatisk økning i mengden trær og busker kan true hele savannens økosystem, ettersom disse plantene bruker mer vann enn gress. Naturvernere i Namibia har rapportert at treaktige planter har hindret både antiloper og gepardene som jakter på dem - en utvikling som kan ha ukjente konsekvenser over hele gressletter.